1942年，邓文仪任百姓党军事委员会政治部第一厅厅长。1944年，蒋介石在大火线构造了10万青年军，调邓文仪出任青年军政治部设想指导委员会主任。邓在青年军中遍及停止法西斯教诲，毒害这些青年，为蒋介石培养今后内战反共的反动军队立下了汗马功绩，遭到蒋介石的嘉奖。为此，在1945年5月召开的百姓党第六次代表大会上，邓文仪被选为中心履行委员会委员。次年3月，在百姓党六届二中全会又被选为中心常务委员。
邓的家在成都少城三条巷，老婆李白坚正因难产住院(几天后就归天了)，邓因要陪蒋插手典礼而未与老婆见面，却未推测蒋给他当头一棒。邓不测受辱，恼羞成怒，回家后痛哭流涕，决计用“甲士魂”剑他杀。刚巧当晚军校教官袁觐贤去看他，见此景象，各式劝说：“校长不是别人，他对你爱极恨深，总有一天会转意转意的。”邓愤恚地大声说，“我连王八都不如，还做甚么人！”他嗟叹了好久，气也逐步消了。次日，邓还是到校办公，一点牢骚也没有。
“燕雀安知鸿鹄之志。我所寻求的，永久不能为尔等了解。”陈赓转而又调侃了邓文仪一句，“看在老同窗、老同亲的份上，我倒要劝你早日改邪归正才是。”
在广州束缚前夕，邓文仪曾号令广州卫戍司令李及兰大肆粉碎都会设施，犯下了各种罪过，最令人仇恨的是他命令炸毁了广州郊区的海珠桥。海珠桥是广州群众用心血修建的高出珠江的大铁桥，工程浩大，修建宏伟，是广州群众引以高傲的修建之一。百姓党要粉碎大桥的动静传出后，泛博市发纷繁派代表向广州当局请愿，果断反对粉碎大桥，但因为邓文仪等人的干与和禁止，请愿毫无成果。
“门生为达目标，甘心受惩罚。”邓文仪也顾不了那么多了，干脆立正答复。但出乎他的料想，蒋介石听后竟哈哈大笑，走到邓文仪面前说：“念你肄业心切，意志果断，你能够作为中心特选的门生去苏俄学习，但愿你能不负希冀。”邓文仪的确不信赖本身的耳朵了，他破涕为笑，双脚一并大声说道：“门生必然不负校耐久望！”
厥后，蒋晓得了邓的任命很有些不快，幸亏朋友们替他讨情，说他情愿痛改前非，戴罪建功，蒋也就没说甚么。
“校长是在积储力量，到最后关头定会带领抗战的，列宁不也和德国签订《布列斯特和约》吗？”邓文仪凭着他在苏联学到的那点的东西，在陈赓面前在理抵赖。
群众束缚军百万雄师度太长江后，以摧枯拉朽之势，很快束缚了南京、上海、武汉、长沙等多数会。10月上旬，兵临广州城下。当时，邓文仪已逃到了广州，在阎锡山拼集的所谓“战时内阁”中任政工局局长，批示百姓党间谍持续停止各种粉碎活动。在一次军警间谍头子集会上，他曾扬言：“统统怀疑分子应敏捷拘系，统统政治犯应敏捷处决。”在他的指导下，反动军警在广州大搞红色可骇，仅中山大学一次就有156人被捕。
与此同时，邓文仪还和贺衷寒等一起，收编了在南京赋闲的中心各军校毕业生，建媾和构造了300人的“讨逆赴难团”。该团的标语是：“武装起来，开赴潼关，直指西安，与张、杨决一死战，救出校长。”但是，合法他们乱哄哄的要出征的时候，传来西安事情战役处理的动静，邓、贺闻讯，顿时泄气，所谓的“讨逆赴难团”也作鸟兽散了。