太后恭亲王多用汉人，且大半湘人，八旗高低牢骚颇多，太后听闻笑道：“这还不简朴？”命军机处下旨，于河南山东两省新设“中原总督”，由御前大臣，统领侍卫大臣、满洲镶黄旗都统左丹梅出任，又增设理教院，统领天下宗教，管僧尼道会等人。增设教诲部，统管束育、黉舍、门生之事；恰逢京师讲武堂建成，又命旗人少年，“不进科举，或是不入讲武堂者，不得授六品以上之官位。”官文随即也入直军机，只是官文非常高傲，夙来是目下无人，和恭亲王也不算敦睦，入了军机也是添乱居多。如此以来，新设立了从一品大员一名，正二品大员两位，从三品以下无数，安设了很多人。同治八年以后，吏改官轨制推行至两江、浙闽、两广、天津七省。
外蒙古设库伦、乌里雅苏台、乌梁海三宣慰使以及属官，由中心调派流官，并设置司法官，多用满蒙汉八旗之官，不干与蒙古诸部内政，借着安定阿古柏之威，诸部不敢妄为，理藩院制定《表里藩条例》，就内藩、外藩的权力任务停止了规定，内藩限定束缚甚多，不如不得自建一国，只可称汗，不得称国主等，可优惠条目也多，官道、买卖等都是诸部需求的，因而，新疆青海蒙古诸部渐次安宁，自此西北无碍，左宗棠得此边防军功，堪比安定洪杨之乱，礼部商定，封一等公，封号“肃勇”，递等袭爵三代，这爵位已经在曾国藩之上了，可谓汉人大臣第一。只是新疆虽平，可到底还是不甚大治，仍命其担负新疆总督一职在，只命十二镇雄师凯歌还朝。
西疆之事，白莲教等教入新疆布道，窜改新疆伊斯兰教一家独大的局面，诸教争鸣，再加上科举教诲取人之功，将诸部和朝廷的联络抓紧了，阿古柏阵容日趋颓废，终究同治八年十月，攻破喀什，宣布阿古柏之乱安定，阿古柏单身逃往布鲁特部，被浩罕国主擒住，亲身献到喀什的左宗棠大营，左宗棠大声呵叱浩罕国主，命其押送阿古柏入京朝见，并上书朝廷，要求与俄罗斯议定西北边疆，吏部趁机在新疆设立布政使司二，府十二，县九十六，不以收税为责，、只以教养之功为主。兵部设提督2、总兵4、将军九。只是英俄两国不甘失利，又在公开里策划甚么。
“难不成要废浩罕吗？”阿谁寺人奇道。
蒲月，命文华殿大学士胡林翼入直军机，“参赞政务”。张之洞出任汉阳知府，筹办汉阳铁厂。
四月，安徽巡抚江忠源调入京中担负兵部尚书。
“多谢皇上顾虑，主子的身子已经全好了。”武云迪答复道。
“那倒不会，亲身献了阿古柏进京，多少不能脱手，这礼数在着呢，只是免不了要敲打一番了。”说到这里，鸿胪寺卿惠征到了，几个管事寺人和外务府官员上前驱逐，惠征固然官位不显，但是母后皇太后的父亲，当今圣上的外祖父，乃是正牌子的国丈，他夙来性子也暖和，以是世人都情愿尊敬他，惠征到了阁内，看了看安插，又问了几下，点点头，“时候差未几了，我们出去等着吧。”
同治七年十一月，上海巡抚李鸿章升任浙闽总督，上海巡抚空缺，恭亲王提请沈桂芬入直军机，太后不准，“军机处类比前朝内阁，虽无宰相一职，却有宰相之实，号令百官，调度阴阳，沈桂芬固然有大才，可毕竟才一任巡抚，如果突然升迁，恐生物议，不如先至上海，担负巡抚，洋务差事磨练久了，天然可简拔入京，再担负要职。”恭亲王情愿属沈桂芬任工部尚书，进而入直军机，听太后一说，到是也感觉能够，因而同治七年十仲春，上旨，沈桂芬任为上海巡抚，没几日就南下到差去了。