125（132）奥秘的偷袭者杀人事件（后篇）◆
65（67）螃蟹和鲸鱼绑架事件◆
80（83）流浪画家杀人事件◆
135（145）消逝的凶器搜刮事件◆
171（182）黑暗中的死角（后篇）
28（29）小五郎同窗会杀人事件（后篇）
120（127）蜜蜂鸡尾酒杀人事件◆
201（216）第十位搭客（前篇）◆
82（85）当红歌星绑架事件（后篇）
76（78~79）柯南VS怪盗基德★K
24（25）丧失影象的美女事件◆
213（229）蘑菇、熊与侦察队（后篇）
128（135）黑衣构造10亿元掳掠事件◆B（注：部分情节来自漫画第2卷，但主体案件为原创）
5新支线大爆破事件
92（95）可骇登山杀人事件（前篇）◆
72（74）三胞胎别墅杀人事件
146（156）本厅刑事爱情物语（前篇）
69（71）暗夜男爵杀人事件（迷惑篇）
88（91）德休拉别墅杀人事件（前篇）◆
8美术馆杀人事件
98（104）名陶艺家杀人事件（前篇）
7每月一件礼品打单事件
99（105）名陶艺家杀人事件（后篇）
85（88）滑雪别墅杀人事件（后篇）
79（82）银行强盗杀人事件◆
209（225）龙神山坠崖事件◆
100（106）初爱恋人回想事件（前篇）
21（22）电视台外景队杀人事件◆
118（124~125）浪花持续杀人事件★X
96（99~102）走投无路的名侦察！持续两大杀人事件★
179（193）咖啡厅卡车撞入事件◆
62（64）幽灵船杀人事件（后篇）◆
77（80）王谢持续惨死事件（前篇）X
59（61）初次购物杀人事件◆
25（26）真假人质绑票事件◆
114（120）有氧潜水杀人事件（前篇）
@1997年（43~85）
61（63）幽灵船杀人事件（前篇）◆
194（209）意味深长的八音盒（前篇）
23（24）豪华客轮持续杀人事件（后篇）
186（201）名侦察遇害记（后篇）◆
145（155）上野解缆的北斗星3号（后篇）
192（207）危命的重生新一返来了S/X
58（60）福尔摩斯迷杀人事件（后篇）X
3偶像密室杀人事件
177（191）与黑衣构造的再见（柯南篇）B
41（42）优胜锦旗被割事件◆
10足球选手打单事件
131（141）竞技场无不同勒迫事件（后篇）
20（21）鬼屋杀人事件
166（177）鸟取县蜘蛛第宅的怪事（事件篇）X
30（31）不在场证明杀人事件◆
164（175）玉轮、星星与太阳的奥妙（后篇）
33（34）侦察团生还事件◆
189（204）危命的重生负伤的名侦察X
52（53~54）雾天狗传说杀人事件★
55（57）列车伎俩杀人事件◆
210（226）五彩传说的水中豪宅（前篇）◆
78（81）王谢持续惨死事件（后篇）X
187（202）黑暗中传来的奥秘枪响◆
1.下方“分集剧情”列表中，“★”标注表示加长版特别篇（参考下文“加长版特别篇”部分），“◆”表示动画原创（即漫画原作中没有的），“B”表示呈现黑衣构造，“F”表示呈现FBI，“C”表示呈现CIA，“S”表示呈现工藤新一，“X”表示呈现服部平次，“K”表示呈现怪盗基德。（重视不要将标注与动画称呼相混合）关于主线剧情的环境，请参考下文“主线剧情简介”部分。