崇祯二年冬后金兵大肆南下，京师吃紧。为了保住北京，朝廷急调四方军队赴北京戍守。
高迎祥残部投奔李自成，李自成便被推为“闯王”持续交战四川、甘肃、陕西一带。
义兴三年，吴三桂率军与南明湖广总督何腾蛟、湖北巡抚堵胤锡大战于长沙之时，本来吴三桂一起南下征讨伪朝的李自成却俄然临阵反戈，率军攻打吴三桂。
崇祯十年，杨嗣昌会兵10万，增饷280万，提出“四正六隅，十面张网”战略，限定农夫军的活动性，各个击破，最后毁灭。张献忠兵败降明，李自成在渭南潼关南原遭受洪承畴、孙传庭的埋伏被击溃，带着刘宗敏等残部17人躲到陕西东南的商洛山中。
光阴荏苒，三个甲子的光阴转眼即逝，时候来到了当代，而本书的故事由此开端。
不久以后，南边官员便以吴三桂把持朝政，是想学汉末曹操“辖天子以令诸侯”，以此为借口质疑义兴帝即位的合法性。
此次大战，吴三桂大败，本身也身中数箭，败退而走，并于三今后因伤势不至，死于败军当中。
这是一个产生在平行宇宙的故事。
崇祯十六年正月，李自成攻陷承天，被举为“奉天倡义文武大元帅”。
而闯贼乃逼死崇祯帝首恶，已失天下士子之心，不敷为惧。现在闯贼方才大败，何不临时与其临时媾和，共击清兵，以除后患，而后再携大胜之势入关，以安定天下。
会后李自成与高迎祥、张献忠率部攻陷南直隶凤阳，掘明皇室的祖坟，在争夺凤阳皇宫的俘虏小寺人和鼓吹乐器时，李自成与张献忠树敌，以后李自成分军西走甘肃。
蒲月初八，多尔衮命令攻城，李自成命李岩率军守城，两边鏖战直至日落。
直到万历三十四年农历八月二十一日这一天，一个婴儿在米脂河西200里的李继迁寨出世。跟着这个婴儿的出世，这个天下的汗青也因他而完整的被改写了。
厥后历经三劝三辞，皇太子朱慈烺于十月初三，在北京正式即位，改元“义兴”，史称明顺宗。
吴三桂大喜，同意了李自成的归降。
长治十一年玄月月朔，长治帝病故于宫中。在其临终之前，俄然下诏废太子李卓熙，改立已故次子的宗子，当时的昌图郡王李维元为太子。
蒲月十三日，李自成偿还皇太子朱慈烺于吴三桂，并献上重金，同时表示情愿削去王号，归降大明。
崇祯四年四月，张存孟在陕北败北降明。
崇祯十七年一月，李自成东征北京。
八月初，吴三桂在北京誓师，于次日正式南下，由此拉开了长达三年之久的“正统之争”。
李自成进北京后，遣使至山海关招降吴三桂，吴三桂不该。顾四月二十一日，李自成与吴三桂停止一片石战役。战至四月二十二日，吴军垂垂不支。吴三桂乃降于清朝摄政王多尔衮，两军联手击溃李自成，主将刘宗敏受伤，急令撤退。
自此李自成军队生长到数万，提出“均田免赋”标语，即民歌之“迎闯王，不纳粮。”
蒲月二旬日，吴三桂迎皇太子朱慈烺还宫，并以太子身份监国。
待到天下安定后，进可改朝换代，成绩一番霸业，退亦可封王拜相名留青史。
三月十九日凌晨，兵部尚书张缙彦主动翻开正阳门，迎刘宗敏所部军。而此时崇桢带著寺人王承恩上煤山瞭望，又返回乾清宫，大臣皆己逃散，最后崇祯前去景山自缢。
李自成称帝后，命李岩、贺锦为大将军，分两路南下，持续南明军队作战，前后用时五年，终究完整毁灭了南明权势。