到了此时，随行的只剩下了内阁大学士严起恒、锦衣卫马吉翔、寺人庞天寿等少数官僚。除了镇西将军朱旻如在昭平县阵亡、被撤职的朝臣汪皞投水他杀以外，如明末四公子之一的方以智和五虎之一的“虎牙”金堡剃发为僧，逃入禅宗；如兵部尚书刘远生及其弟五虎之一的“皋比”刘湘客避入深山；如鲁可藻、钱秉镫、王夫之等人都是在这时离开永历朝廷返回清当局统治下的故里以遗民自居。
永历五年仲春，广西清军南下柳州，南宁岌岌可危，永历朝廷已退无可退。目睹于此，孙可望赶紧派出亲信部将贺九仪、张明志领劲兵五千赶赴南宁护驾。二将到达南宁后，杀兵部尚书杨鼎和，逼死禁止封秦的首席大学士严起恒。到了次月，永历帝不得不正式承认了陈邦傅、胡执恭矫封孙可望的秦王爵位，为滇封一案画上了一个句号。
两边对峙一载，至永历六年四月，也就是陈凯凭陆丰双子棱堡挫败耿继茂的守势的同时，已经作为明军身份的李定国统雄师与冯双礼汇合，并且在蒲月中旬展开对靖州的打击。
相对这些离开通廷的，身在广西的大学士唐諴、户部侍郎张尚、大理寺丞吴德操、广西巡抚余心度、督粮参议魏元冀等均前后向孔有德降清；而那些在广东的高官显宦们，如黄士俊、何吾驺、杨邦翰、李贞何、吴以连划一样是投诚恐后，此中黄士俊年已八十二矣，有嘲之者云：“君王若问臣年纪，为道本年方剃头！”
脱得虎口，但是两广即将沦陷，再加上撤退时的漫无构造，乱兵乘机劫夺，一些故意跟随朝廷的官员也缠足不前。
永历元年正月，永历朝廷进入云南，并且在次月被安设在了贵州的安隆千户所加以囚禁。而孙可望于永历五年兼并贵州军阀匡国公皮熊和忠国公王祥所部，全取贵州一省后，在省会贵阳兴建秦王府，设六部，任命范鑛、马兆羲、任撰、万年策等报酬尚书，自称国主，代掌国事。
兼并明廷旗下的权势的同时，于永历五年四月，孙可望遣大将冯双礼率马兵一万、步兵数万、战象数十霸占沅州，但是在辰州遭到了辰常总兵徐勇和续顺公沈永忠的极力抵当。
这期间，前来护驾的贺九仪和张明志则早后果为永历朝廷在是否进入大西军节制区的事情上踌躇不决，因此拔营而去。比及孔有德的亲信大将广西提督线国安攻占南宁，他们也只得狼狈逃窜到了大西军的节制区，获得了大西军的庇护才算是转危为安。
永历四年十一月，平南王尚可喜、靖南王耿继茂攻陷广州，定南王孔有德占据桂林，驻于梧州的永历朝廷在同一日闻听两座省会沦陷，当即便是乱成了一团。梧州位于两广之间，于当今的情势乃是处于备受夹攻之势。不需求太多废话，朝廷高低仓促而逃，直奔南宁而去。
南宁是广西南部的重镇，永历君臣筹算到了南宁，起码是临时离开了清军的兵锋以后再做筹算。待到路子浔州地界，庆国公陈邦傅决定降清，筹办将永历帝献给清军，成果被永历帝提早获知，“冲雨而过”。未能将永历帝作为投名状送给清军，陈邦傅干脆劫夺了一番随行官员，随后杀了撤退至此的宣国公焦链，凭此与其子文水伯陈曾禹向孔有德投降。
广州、桂林，两处沦陷，雄师败溃、分离，更有如陈邦傅者转而降清的，而忠贞营在此事也已经没法于两广安身，只得北上夔东与其他大顺军残部汇合。
因为大西军前来护驾，清军的守势渐缓。待到大半年以后，清军复兴雄师，并且于腊月占据南宁。