明廷册封其为归义王，位居顺义王之下，废察罕浩特，令其搬家广宁，部众被编为二卫八所，归入大宁都司（后改成大宁承宣布政使司）统领，名义上仍属归义王麾下，实则由明廷任命亲明部族首级担负批示使。次年七月，为土默特部仇家刺杀于广宁归义王府外，年仅二十八岁，无嗣，顺义王爵位拔除。
于北山女真、苦兀、乞列迷等族堆积地重设奴儿干都司，泰昌年间改设黑水承宣布政使司（源自唐朝黑水都督府），布政使司衙门驻永宁府。
颠末比年苦战，终究究万历四十七年（1619年）攻破其王城察罕浩特，呼图克图汗本想出逃漠北，却为科尔沁部所阻，无法投降，自去汗号，献出传国玉玺（后经证为伪）。
不久后，舒尔哈齐再次建议打击，扈尔汉战死，莽古尔泰率残部向明廷要求内附，但此时李成梁已被袁可立替代，后者出于进一步形成女真内哄的目标，回绝采取。
而后十数年，明廷在辽东慢慢推行府县制代替卫所制，前后设置辽阳、沈阳、广宁、铁岭、抚顺、通化、建州、黄龙、敦化、福山等府县。
如权势较强的叶赫、窝集、乌济叶特部首级，别离被授予坊州、东宁、泰宁土知府，划归开元承宣布政使司统领；黄台吉被授予建州宣慰使，归辽宁承宣布政使司统领（后因企图谋反被杀，建州被并入抚顺府）。
篡夺辽河河套后，于辽东设立辽宁承宣布政使司，布政使司衙门驻沈阳府；
但万历天子却对褚英法外开恩，不但赦免其罪，还封其为建州左卫批示使（努尔哈赤旧职）、都督佥事，令其回建州清算部众为朝廷所用。如许做，一方面是因为褚英非常虔诚，对努尔哈赤早前多有劝谏，父子也是以干系不睦；另一方面，当然是持续教唆建州内哄。
对此，大部分重臣以为元妃两子皆被扣押，当拥立继妃之子莽古尔泰暂执国政，少部分大臣主张拥立六子黄台吉，两派辩论不休，内部分裂之势已见端倪。就在此时，努尔哈赤胞弟舒尔哈齐也来插上一脚，他以明朝客岁已封其为建州右卫批示使为由，要求领受建州女真。
其他部族也按照权势大小授予土同知、土通判、土知县等职务，这些土官的权势范围与各直属府县犬牙交叉，并设榷场于其间，相互管束又相互依存，从轨制上稳定了东北的局势。
十一月，褚英到达毛怜卫，汇集部众万余，企图结合黄台吉攻打舒尔哈赤，但扬古利等努尔哈赤旧臣本就与褚英有隙，调拨黄台吉回绝，并尝试与明廷联络坐收渔利。
州县制的根本是大量的人丁，为此，明廷任命左光斗卖力屯田事件，鼓励军民屯垦，将南边良种水稻引入北方，招募南边农夫到北方传授水稻莳植技术，大大促进了关外农业生长。山西、陕西、山东等地的农夫前后迁往东北，进步了人丁比例，动员了本地部族窜改出产体例，由传统的渔猎转向农耕，保护了社会稳定。
当然，对于东北庞大的情势，明廷并未强迫推动府县制“一刀切”，而是对女真、蒙古中强势诸部实施土官制代替卫所制，在满足其独立性的同时，逐步减少其军事性和战役力。
舒尔哈齐虽有几次小胜，但因内哄虎将丧失殆尽，终究寡不敌众，先败于萨尔浒，再败于赫图阿拉，流亡途中被联军追上并斩杀。联军将其麾下诸城付之一炬，其地划归抚顺统领。
万历四十三年（1615年），号称蒙古嫡派的察哈尔部，在其首级呼图克图汗（孛儿只斤・林丹巴图尔）带领下劫夺土默特部，明廷令其退兵不得，遂构造联军摆布夹攻察哈尔部。