湖南疆场明军主力和入湘屯齐部满汉清军对峙期间，孙可望另派兵马攻入四川南部，企图占据全川，与此同时清廷也派平西王吴三桂、定西将军固山额真李国翰带领所部兵马由陕西汉中入川。吴三桂、李国翰率部达到四川临时省会保宁后休整数日即南下，很快推动到成都，奉孙可望之命保卫成都的明总兵林时泰面对远道而来的清军却不战而降，导致清军未损一兵一卒占据成都。
林时泰暮年插手张献忠带领的大西军，张献忠战身后，林时泰自感大西军已无前程，便向清英亲王阿济格投降，阿济格委他为保宁总兵官。数年后，林时泰听闻大西军余部在孙可望、李定国的带领下联明抗清，遂在潼川反清归明，孙可望念在昔日情分上令他率本部兵驻守成都。
李国翰见状，踌躇以后对吴三桂道：“我等统领大兵恢川不得。若弃了保宁，丢了巡抚，我朝法度王所素知，复将何辞以对朝廷耶？”
刘文秀带领残兵败卒返回贵州，孙可望深为不满，命令消弭他的兵权，发还昆明闲住；张先璧则被乱棍打死。
李国英道：“保宁粮虽无多，尚够兵马五个月支用。”
十月十一日拂晓，刘文秀批示雄师攻城，兵马蔽山而下，炮声震天，南自江岸，北至沙沟子，横列十五里，前线战象，次用火炮、鸟铳、挨牌、扁刀、弓箭、长枪，层叠里许，簇拥攻城。
重庆明军守将卢名臣因兵力薄弱，没法抵抗来势汹汹的数路清军，遂于十四日放弃重庆。四月下旬，吴三桂调派另一支由甲喇章京杨正泰、郭云龙、右路总兵南一魁、叙州总兵马化豹带领的清军打击叙州，明守将王复臣、白文选自知不敌，主动撤退到永宁。至此。清军除了本来节制的保宁地区外，接踵夺得成都、重庆、叙州、马湖、邛州、雅州、嘉定、眉州等府县，大半个四川尽入清军之手。乃至清廷觉得全蜀渐次底定，该当讲究善后运营天府之地。以四川之物力支撑厥后对滇黔的守势。
玄月，吴三桂也率部退至绵州，接着又退到广元。如此一来，清朝在四川的临时省会保宁只要巡按御史郝浴和总兵严自明部下一百多名流卒。吴三桂、李国翰在兵败如山倒的情势下，已有放弃四川退入陕西汉中的筹算。
面对如许一个烂摊子，洪承畴一面竭蹶处置，尽力构造绿营等汉兵恪守处所，一面要求朝廷另遣满军助战。催促清廷命靖南王耿继茂敏捷移镇广西梧州，实际企图是把攻取广西、管束李定国部明军的任务推给广东的两位汉人藩王。
再者湖南久经战乱以后，处所残破。所谓大敌在前，小寇在野。满兵络绎，加送迎之烦。而兜揽一二灾黎亦复鼠窜。百姓不来，有司欲去。洪承畴驻节的长沙城更是满城极目冷落，宝庆城内城外无民无房，并蔬菜买卖俱无。
洪承畴晓得仅仅仰仗本身麾下的兵力要对于孙可望直接批示的湘西、贵州明军和夔东十三家军队不但不能克敌致胜，连守住湖北彝陵、荆州。湖南常德、长沙、宝庆一线都毫无掌控。至于他经略范围内的广西大部分地区仍为南明大将李定国所节制，就更是力不从心。
固山额真济席哈和蓝拜统领的八旗兵达到湖南后，孙可望自知斩将搴旗非己所长，决定重新起用因保宁战役被削去兵权的抚南王刘文秀。但是，刘文秀自从保宁败北被剥夺兵权后日趋悲观，他废居昆明时乃至想进山学道。孙可望几次召他至湖南都不至，最后在孙可望的对峙下刘文秀才出任“大招讨”一职，永历九年（伪顺治十二年）春，刘文秀才带领大将卢名臣、冯双礼等部马、步兵丁六万、象四十余只，踏上了东攻湖广的征途。四月，刘文秀部集结于湖南辰州，打算先攻占常德，堵截洞庭湖西面湖北、湖南的通道，然后光复长沙、衡阳、岳州，到手后再北攻武昌。