重庆明军守将卢名臣因兵力薄弱，没法抵抗来势汹汹的数路清军，遂于十四日放弃重庆。四月下旬，吴三桂调派另一支由甲喇章京杨正泰、郭云龙、右路总兵南一魁、叙州总兵马化豹带领的清军打击叙州，明守将王复臣、白文选自知不敌，主动撤退到永宁。至此。清军除了本来节制的保宁地区外，接踵夺得成都、重庆、叙州、马湖、邛州、雅州、嘉定、眉州等府县，大半个四川尽入清军之手。乃至清廷觉得全蜀渐次底定，该当讲究善后运营天府之地。以四川之物力支撑厥后对滇黔的守势。
十月初八日明军主力会合保宁城北，刘文秀登上东北山头批示攻城。吴三桂通过窥伺得知攻城明军中张先璧部战役力最弱，决定集合兵力先打张军。李国英为利诱明军，命部下绿营兵改打八旗正兵旗。
李国英道：“保宁粮虽无多，尚够兵马五个月支用。”
孙可望任命刘文秀为大招讨，本意是让他在永历八年率军由湘出长江，同张名振等会师篡夺江南。当时屯齐部清军北撤，陈泰部清军尚未南下，恰是一举击破清经略洪承畴拼集的汉军、进取江南的大好机会。可因为孙可望的图谋篡位，欲图取明自代，一贯反对此举的刘文秀不肯按孙可望的战略行事，以免孙可望借此胜利篡位，成果他的按兵不动导致孙可望企图和张名振东、西会师江南的打算通盘停顿。
巡抚郝浴却以“不死于贼，必死于法”劝说吴三桂、李国翰不成弃守保宁，四川巡抚李国英也拉住吴三桂，苦苦相劝：“王乃客兵，能够还汉；巡抚乃守土之臣。当与保宁共存亡。王自回汉，巡抚当星夜回保摒挡守具。”说完便告别吴三桂及李国翰。带领部下的几百营兵拔营回保宁。
吴三桂于险胜之余，曾对摆布感喟道：“平生何尝见如此劲敌，特欠一着耳。”
面对如许一个烂摊子，洪承畴一面竭蹶处置，尽力构造绿营等汉兵恪守处所，一面要求朝廷另遣满军助战。催促清廷命靖南王耿继茂敏捷移镇广西梧州，实际企图是把攻取广西、管束李定国部明军的任务推给广东的两位汉人藩王。
林时泰再次降清后，吴三桂以为此人几次无常、当年其归明时清廷又下过明旨要访拿于他，故而命令将林时泰斩首示众，其亲信部众1650人尽被坑杀。
战后，清军加强了面对辰州的防务，刘文秀水、陆两路夹攻的打算宣布失利，卢名臣的阵亡又严峻影响了军心士气，刘文秀只得放弃攻取常德的打算，带领军队退回贵州。孙可望对刘文秀的行动深表不满，又一次消弭他的兵权，让他返回云南昆明闲住。
刘文秀带领残兵败卒返回贵州，孙可望深为不满，命令消弭他的兵权，发还昆明闲住；张先璧则被乱棍打死。
对峙数月后，清军派往明军节制区的探子却传来惊天动静——孙可望和李定海内哄，李定国已率部突破孙可望设在广西田州的防地直奔贵州而去，此举较着是冲永历而去！(未完待续)
吴三桂、李国翰见明军势大，于八月十九日在夹江县同四川巡抚李国英告急构和，决定全师北撤以保万全。驻守重庆的清军将领梅勒章京葛朝忠、佟师圣、白含真、镶红旗章京尹得才、总兵柏永馥、陈德、卢光祖于八月二十四日接到吴三桂的撤退号令，二十五日渡江北还。同一天，明军光复重庆，随即派兵尾追清军，在间隔重庆一百二十里的停溪将清军包抄，用火器四周围攻。二十八日，清军大败。梅勒章京白含真被活捉，永宁总兵柏永馥带着残兵败卒逃到保宁时，部下兵支离减弱。只收拢残兵百余人。