当时，阿里不哥占有较着的上风，他驻守和林，有节制蒙古本土的便当。在蒙哥身后，他一面以监国身份为蒙哥举哀发丧，一边调将布兵，以阻防忽必烈。他先命脱里赤为断事官，占有燕京，号令四方；又命玉木忽儿带领东路雄师，出和林、越漠北，谋取开平；再命阿兰答儿带领西路军，下河西走廊，诡计与屯守在六盘山的浑都海部汇合，以构成对忽必烈的包抄情势。当时的关中地区最为庞大。蒙哥身后，他所带领的伐宋主力，退回到六盘山屯守，与本来驻守军队浑都海部汇合。阿里不哥期近位前就任刘承平、霍鲁怀到陕西任职，诡计节制陕川。这两小我都是忽必烈的死仇家，如果驻守在六盘山的这支劲旅悍然打击京兆，秦、陇、陕、蜀之地将尽为阿里不哥统统，对忽必烈构成致命的威胁。
按照蒙古国的风俗，担当汗位，必须在蒙前人的发源地停止，必须有各系宗王插手，才算合法。而忽必烈在开平担当汗位，是有违蒙前人的传统风俗的。是以，他的行动引发了很多贵族诸王的不满。特别是早在忽必烈南征未归时，其皇弟阿里不哥就已经拉拢一些人在策划篡夺王位。当阿里不哥听到忽必烈自主为王今后，也于1260年农历蒲月在阿尔泰山的驻夏之所，宣布担当王位，与忽必烈相对抗，从而引发了长达四年多的内哄。
公元1267年，忽必烈以南宋当局截留信使为借口，命阿术为主帅，举兵大范围打击南宋。他采纳南宋降将刘整的建议，集合上风兵力，打击江、汉之间的军事重镇襄、樊两城。公元1271年农历蒲月，又令四川等地军队水陆并进，包抄襄樊。襄樊两城军民奋勇抵当，对峙固城战役达五年之久。忽必烈久攻不下，便采纳张弘范之计，先堵截襄、樊两城水上联络，又集合力量先攻陷樊城。襄城守将见局势已去，便投降了忽必烈。
公元1260年农历三月一日，忽必烈达到开平，在众将领和部分蒙古贵族的帮忙下，抢先宣布登上了王位。
自掌管漠南汉地军国庶事以后，忽必烈所实施的一系列办法使中原地区获得了开端的管理，人丁不竭增加，经济渐渐规复，为他篡夺政权奠定了经济根本。
因为蒙古军进入中原之初，停止了赤裸裸的直接劫掠，忽必烈所掌管的漠南地区已是一片萧瑟之地。窝阔台即位以后，情势稍有窜改，他任用耶律楚材停止鼎新，其主旨是以中原地区行之已久的赋税体例来代替旧的蒙古贵族杀掠式的和无穷制的讨取，以便保持在汉地的统治。但是，新政实施不久，因为遭到蒙古贵族的狠恶反对，耶律楚材的鼎新以失利告终。到蒙哥即位前夕，汉地不治的环境更加严峻。即位伊始，蒙哥很有肃除积弊之势，但是因为蒙哥一系列的交战，这些办法很快就崩溃了。并且群众承担越来越重，为了回避债务催逼，人们纷繁流亡，地盘大量荒凉。
通过这些汉儒幕僚的帮忙，忽必烈对中国前代王朝的治乱兴衰有了充分的体味。忽必烈不但本身尽力接管、学习汉文明，还要其他蒙古贵族跟着学。他的儿子真金太子从小就跟姚枢、窦默学习《孝经》；当上中书左丞的阔阔，原为忽必烈在“潜邸”时的近侍，忽必烈让他拜王鹗为师，学习“治道”。
汉儒刘秉忠曾对忽必烈提出了“以顿时获得天下，不成以顿时治天下”的大题目，并以历代封建统治的经历，阐发此中的短长。他还进一步阐述旧轨制形成的弊害，主张建朝省、立法度、定官职、饬赋税，采取汉法，这对忽必烈思惟认识的窜改具有极大的影响。