十一月戊子，郧阳兵噪，巡抚都御史李材罢。
玄月己未，停刑。庚申，如天寿山阅寿宫。甲子，次石景山观浑河。乙丑，还宫。庚午，甘肃兵变，巡抚都御史曹子登罢。是月，青海部长他不囊犯西宁，杀副将李魁。
秋七月壬子，振苏、松水患，蠲税粮。戊午，京师地动。
夏蒲月丁酉，京师地动，敕修省。
夏四月癸酉，京师地动。
六月庚申，京师地动。甲子，以灾伤停减苏、杭织造。
■十七年春正月己酉朔，日有食之。丁巳，太湖、宿、松贼刘汝国等反叛，安庆批示陈越讨之，败死。
六月壬子，王锡爵归省。
冬十月癸未，停刑。癸卯，黄河决口工成。
六月乙丑，振承天、汉阳、郧阳、襄阳灾。
十仲春甲午，以宁夏贼平，告天下。是年，暹罗、土鲁番入贡。
蒲月戊辰，河套部敌犯甘肃，总兵官杨浚击破之。庚午，复议封倭，命都督佥事杨方亨、游击沈惟敬往。
八月己巳，振山西灾。庚午，振淮、扬、徐水患。
■二十二年春正月己亥，诏以各省灾伤，山东、河南、徐、淮尤甚，盗贼四起，有司玩愒，朝廷诏令不可。自今以安民弭盗为抚按有司黜陟。
夏四月己亥，王家屏复入阁。始兴妖僧李圆朗反叛，犯南雄，有司讨诛之。
玄月乙未，杨方亨至日本，平秀吉不受封，复侵朝鲜。乙卯，葬孝安庄皇后。是月，河套部犯宁夏。总兵官李如柏击败之。是秋，河决黄堌口。
蒲月，倭犯朝鲜，陷王京，朝鲜王李〈口公〉奔义州求救。
■十二年春仲春丁卯，京师地动。己巳，释建文诸臣外亲谪戍者后嗣。
■二十四年春仲春戊申，麻贵袭河套部，败之。
■十一年春正月壬戌，敕严边备。
秋七月丁卯，吏部尚书孙丕扬请推补官员章疏，不报。戊寅，仁圣皇太后崩。乙酉，始遣中官开矿于畿内。未几，河南、山东、山西、浙江、陕西悉令开采，以中官领之。群臣屡谏不听。
十仲春丙辰，蓟辽总督顾养谦兼理朝鲜事，召宋应昌、李如松还。
玄月丁亥朔，日当食，阴云不见。己丑，停刑。
夏四月丙午，大雩。戊申，以旱诏中外理冤抑，释凤阳轻犯及监禁年久罪宗。戊午，步祷于南郊，面谕大学士等曰：“天旱虽由朕不德，亦天下有司贪婪，剥害小民，乃至上干天和，此后宜慎选有司。”蠲天下被灾田租一年。
十一月乙未，河工成。
八月壬戌，释奠于先师孔子。是秋，河决崔镇。
冬十月癸亥，停刑。辛未，河南水患，蠲振有差。
是年，江北大水，淮溢，浸泗州祖陵。
蒲月辛丑，穆宗神主祔太庙。
是年，畿内蝗，南畿、浙江大水，蠲振有差。琉球入贡。
■十四年春仲春癸未，严外官馈遗。
玄月丁亥，停刑。
夏四月己巳朔，日有食之，既。壬申，书谨天戒、任贤达、亲贤臣、远嬖佞、明奖惩、谨出入、慎起居、节饮食、收放心、存畏敬、纳忠告、节财用十二事于座右，以自警。
蒲月丙戌，雨。
三月甲申，大雩。己丑，李成梁出塞袭把兔儿炒花，大破之。壬辰，减杭州织造及尚衣监料银。尚宝司少卿徐贞明督治京畿水田。
冬十月戊寅，振临洮被兵军民。
■十九年春正月，顷甸寇永昌、腾越。
玄月甲午，葬庄天子于昭陵。
三月丙寅，大阅。是月，土蛮犯辽阳，副总兵曹簠御之，败绩。
夏四月戊子朔，谕礼部，令民及时农桑，勿事游惰。甲午，宁夏土军马景杀参将许汝继，巡抚都御史晋应槐讨诛之。庚子，以久旱敕修省。