天启六年毕自严升任户部尚书，因魏忠贤以翻修宫殿为名，提出售掉南大仆寺牧马场，遭到毕自严的果断反对，因为一旦卖掉牧马场，将会使军马和伇马供应遭到极大影响，毕自严威名已久，魏忠贤也无可何如，只得找到天启帝告状，天启帝宠任魏忠贤，牧马场还是没有保住，毕自严激愤不已，因而称病回籍。
崇祯八年官复原职，但是这时的毕自严已经体弱，没法为国极力，因而告老回籍，后于崇祯十一年死于故乡，享年六十九岁。
因为他是户部尚书，那但是管着荷包子，现在崇祯免了江南茶税，如果没有其他处所补上来，那么户部每年就要少收六十万两银子！现在他能为陕西说一句如许的话，作为户部尚书，真的是高风亮节！
怎料皇太极及后金军几次入关，大明财务敏捷恶化，毕自严的心血也一刹时化为乌有。崇祯四年，兵部尚书梁廷栋要求崇祯再增田赋，再旧增五百二十万两根本上，再增一百六十五万两，崇祯无可何如，只得应允。
这时，一个陕西籍官员，礼科给事中汪有典坐不住了，看着本身的故乡被人卖了，这如果一句话不说，实在是说不畴昔啊！如果哪天回家探亲，岂不是要被老乡戳脊梁骨！
不得不说毕自严是明朝前期非常杰出的理财专家，如若不是毕自严的经心打理，崇祯朝早已财务崩溃。
“不错，恰是此理，即便有些干旱，那也就是一两场雨的事，又何足挂齿！汪事中多虑了。”
这个官员方才拍完马屁，一众官员也是反应过来，作为对崇祯减免江南税收的回报，这个发起又怎能加以禁止呢？归正我又不是陕西人，归去又不会被老百姓骂，因而从速加火。
崇祯六年，青浦知县郑友元没有完成税收任务，毕自严念与其有旧，赐与包庇，不料被言官弹劾，崇祯大怒，将毕自严下狱问罪，幸得朝中老友救援，在牢中呆了半年，做才出狱。
转头一看，竟是礼科给事中汪有典，大师这时也不由得松了一口气，幸亏官不大，如果又是哪位朝堂重臣，那还得又费一番口舌。
“皇上贤明，想那八百里秦川沃野只需一个歉收，便可得赋税无数，这个主张真是贤明非常啊。”