再说此时的朝堂之上，钱谦益的历声喝问，因为多年来所遭到的尊师重道的教诲下，使得瞿式耜一时无言以对。
，，，，，，
厥后瞿式耜联络朱享嘉部下大将焦琏，与其联手将朱享嘉抓拿，为隆武政权的稳固立下了汗马功绩，被隆武帝晋升为兵部右侍郎，委广东重担。
因而钱谦益立马对瞿式耜喝问道：“贤人云孔曰成仁，孟曰取义，江南向来便是我大明赋税重地，对我大明所做颇多，现在江南水患频繁，民生顿苦，如若朝廷不闻不问，难道不仁不义！如此，至朝廷颜面于何地！”
无法清军势大，第二年隆武帝被杀，隆武政权随之毁灭，瞿式耜便在广东拥立桂王朱由瑯即位，是为永历帝，永历晋升他为吏部右侍郎，东阁大学士。随后几年，瞿式耜主动帮手永历帝打理朝政，稳定民气，时候不忘光复国土，规复大明江山。并曾数次打败清军大肆的打击，无法永历帝实在不争气，再加上国事衰颓之时，永历朝文武大员竟还党争不竭，自消气力，而满清气力却一日千里，乃至最后桂林被孔有德围困。
弘光政权毁灭后，唐王朱聿键在福州建立隆武政权，但是身在桂林的靖江王朱享嘉却不承认，也建立政权，自主监国，后派人拉拢瞿式耜，被瞿式耜严词回绝，喝道：“现在隆武帝大位己定，自当同心共力光复大明江山，怎可兄弟手足相残，做那亲者痛，仇者快之事！”
“不错，灾患一起，处所百姓民不聊生，朝廷怎能坐视不管？如此这般，国将以何为继？”
钱谦益不由得横了毕自严一眼，而后说道：“我乃士林魁首，怎会以势压人？本日朝堂所言，不过就事论事，辽东战事打了也不是三年五年，若按毕大人的说法，那天下老百姓都不要活了。处所呈现灾患，减免赋税施助哀鸿本是常理，如何到你这里就成了祸国殃民的了呢？”
钱谦益说着，又向崇祯拱了拱手，说道：“新皇即位，恰是向天下百姓揭示刻薄仁德的时候，如果对江南视若无睹，岂不是让百姓绝望！你口口声声说是为朝廷，为赋税，孰不知这人间除了金银，另有民气！贤人云，水能载舟，亦能覆舟，你教唆皇上不要天下民气，这是何用心！”
逃窜天子永历帝在逃窜前，拉着瞿式耜的手，要他一起出走，被他严词回绝，这时他慷慨说道：“臣乃留守，怎可弃桂林而走？城在则人在，城破则人亡，还望今后皇上抖擞，摈除鞑虏，光复大明江山。”
钱谦益这时几近是要被气得吐血，为甚么？因为瞿式耜是钱谦益的门生！这时瞿式耜公开反对减免江南税收，无疑是打他的脸，前人讲的是一日为师，毕生为父，尊师重道已经渗入到骨子里。
魏忠贤权倾朝野时，天下文武百官攀附者不计其数，然瞿式耜不畏强权，凡是攀附魏忠贤者，瞿式耜都以其断绝来往，文人风骨闪现无疑。然始终不得重用，赋闲在家。后李自成攻破北京，崇祯煤山吊颈，瞿式耜本欲就义，然满清铁蹄杀入关内，李自成大败，汉家江山岌岌可危，这时瞿式耜决然毁家抒难，四周驰驱。
瞿式耜心中不平，无法恩师当头喝问，身为门生，又怎能顶撞？
不幸瞿式耜一身的才学，在崇祯朝十七年竟不得重用，瞿式耜，字起田，生于万历十八年，姑苏常熟人，自小便满腹才学，乃是远近闻名的神童，后拜钱谦益为师，二十七岁高中进士，而后出任江西吉安府永丰县知县，在任时，走村串巷，巡查处所恶霸，将永丰县管理的井井有条，