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此次改朝换代的战役，给扬州带来了没顶之灾。1645年5月，清将多尔衮率军南下围扬州城，明将史可法死守城池达半月之久，杀伤清军甚众。城破后，史可法被俘就义，多尔衮为抨击大开杀戒，形成“扬州旬日”悲剧，公众死80万，西商、徽商及各地贩子亦难幸免，有明一代两淮盐业昌隆带来的贸易繁华，毁于一旦。
自此，留在西北边塞种粮食已落空经济上的意义，陕西贩子和山西贩子一起，纷繁来到运河沿岸的两淮食盐转运关键扬州，成为专业盐商。据记录，当年会合扬州的陕西贩子不下500人，名声显赫者有“三原之梁，泾阳之张、郭，西安之申，潼关之张，他们兼籍故★，土，实皆居扬”，这标记取一个冲出潼关、走向天下的陕西商帮开端成型。
汗青上，明崇祯五年（1632年），经徽商联名上书，巡查两淮盐政的官员上书。要求凡盐商后辈都可当场退学，获得天子批准。但这无形中侵害了原有学籍的徽商的好处，引发大师鼓噪，刚好时任扬州知府又是山西人，支撑同亲的抗议，此政策遂缓行。徽商旧事重提，“西人复大鼓噪，争讼不已”，终究又不了了之。
这类争斗，最后的成果是1644年3月，陕西米脂人李自成率大顺军攻入北京，逼得安徽凤阳人崇祯天子朱由检吊颈他杀，但镇守辽东的明将吴三桂旋即引清兵入山海关，击败大顺军。趁便说一句，生于辽东的吴三桂本籍“广陵首邑”高邮，也算是扬州人了。
比拟之下，山西向来缺粮，山西贩子要享用“食盐开中”政策，只要推着独轮车到山东买粮，再贩运边关，是为颇费周折的“买粮换引”，而徽州阔别边塞，山高路远，徽州贩子更有力参与此中。这也是明朝初年陕商比晋商、徽商起步较早的首要启事。
明朝末年扬州驰名的“商籍之争”，实际上恰是山陕贩子与徽商之间阛阓积怨的一次大发作。
当时之盐从海滨盐场经扬州转运到各省市场，代价可涨10倍以上。据预算，乾隆三十七年（1772年），扬州盐商每年赚银1500万两以上，交纳盐课600万两以上，占天下盐税六成摆布。这一年，中国的经济总量为全天下的32%，而扬州盐商供应的盐税就占了全天下经济总量的8%。
常住扬州的陕西贩子不但运营淮盐。还将停业扩大到典当、布匹、皮货、烟酒等行业。但既占天时、又得人和的徽商异军崛起，咄咄逼人，且因其“左儒右贾”的传统，文明程度遍及较高，动辄喜好建议诉讼，与山陕贩子频频产生贸易抵触。据史料记录，在“南人”（即徽商）与边商（即山陕贩子）的诉讼案中，前者常常能获得官方无益的讯断。在争斗中占有上风。
“商籍之争”，前后达数十年之久，西商先胜后败，徽商终偿所愿，实在也折射出在此期间，陕、晋、徽三大商帮在扬州气力对比的盛衰窜改。
入清今后，至康熙初年，天下情势大定，新兴的清朝亦思规复经济民生，以安定统治，而盐税数额庞大，两淮盐业的答复天然是重中之重。在清廷的宽松政策之下，为遁藏烽火退走的盐商连续再聚扬州，所谓“康雍乾乱世”的130余年间（1661年~1795年），扬州盐业达到又一岑岭。极盛之时，每年经扬州运销的盐达160多万引（每引折盐200~400斤），仅盐课（即盐税）一项便占天下财务支出的四分之一。