黄初元年（220年），曹丕代汉称帝，程昱复为卫尉，进封安乡侯，增邑三百户，并前共有八百户。分封少子程延及孙程晓为列侯。朝廷正欲以程昱为三公，程昱却在此时归天，曹丕亦为之流涕，追赠车骑将军，谥曰肃侯，寿八十。
程昱生性刚戾，与人多有反面。有人诬告程昱谋反，而曹操却对其赐待益厚。
初平三年（192年），兖州刺史刘岱辟召程昱为用，程昱不该命出任。当时刘岱与袁绍、公孙瓒和亲，袁绍令老婆居于刘岱处，公孙瓒亦遣处置范方带兵助刘岱守地。厥后袁绍与公孙瓒反面。公孙瓒击破袁绍军，因而遣使向刘岱说要收取袁绍的老婆，令刘岱遣上，并与袁绍断交。公孙瓒又向范方命令：“若刘岱不遣上袁绍家小，便领兵返来。待我定了袁绍，就攻打刘岱。”刘岱连日不能决定，别驾王彧向刘岱说：“程昱有策画，能断大事。”刘岱因而召见程昱问计，程昱说：“如果放弃袁绍这个近援而求于公孙瓒为远助，这即是求人于越地以挽救受溺的儿童一样。并且，公孙瓒亦非袁绍之敌，现在虽稍胜袁绍军队，但终究必为袁绍所擒。如果取其一朝一夕之势而不思虑长远的打算，将军您必败无疑。”刘岱服从其计。因而范方领其兵归去，兵尚未至而公孙瓒已大为袁绍所破。刘岱表奏程昱为骑都尉，程昱却以身疾请辞。
程昱这个谋不及郭嘉，治国不如荀彧，军事才气不如荀攸，是个千里之才，做个太守还是能够的，不过程昱虔诚于曹魏，胆量大。
建安三年（198年），刘备落空徐州，前来归附曹操。程昱劝曹操杀刘备，曹操不听。
汉献帝定都许县后，以程昱为尚书。当时兖州尚未绥抚伏贴，因而又以程昱为东中郎将，领济阴太守，都督兖州事。
建安五年（200年），程昱迁为振威将军。当时袁绍在黎阳将移兵南渡，而程昱却只要七百兵守着鄄城，曹操晓得危急，命人奉告程昱，欲加二千兵前去鄄城助守。程昱不肯接管，说道：“袁绍拥兵十万之众，自发得所向无前。他若见我领兵少，必不敢等闲来攻。但如果增加了我的兵士，过量则不成不攻，要攻之必克，只会两损其势。愿公不要思疑！”曹操从之。袁绍闻程昱兵少，公然不敢进兵。曹操闻其事，向贾诩道：“程昱的胆略，超越孟贲、夏育啊。”
建安八年（203年），程昱纠合一伙山间公众及逃亡之徒，得精兵数千人，因而引军与曹操会师黎阳，讨伐袁谭、袁尚。曹操使李典与程昱等以船运军粮。会和魏郡太守高蕃将兵屯河上，断绝水道，曹操对李典、程昱说：“若船不得过，下从陆道。”李典与诸将议曰：“蕃军少甲而恃水，有懒惰之心，击之必克。”程昱亦觉得然。遂北渡河破高蕃，水道得通。二袁破走后，程昱拜为奋武将军，封安国亭侯。
建安四年（199年），曹操调派刘备至徐州截击袁术，程昱与郭嘉向曹操道：“明公前日不撤除刘备，现在更向他借兵，他必然会有异心的。”曹操悔怨，但已追之不及。公然，袁术病身后，刘备去到徐州，杀车胄，举兵背反曹操。
攻取荆州后，中原之地大抵安定，曹军权势逐步扩大。一次，曹操抚着程昱之背说道：“当初兖州之败，若非服从你的战略，我又怎能够来到这里呢？”程昱答道：“所谓‘满足不辱’（出自《品德经》第四十四章，指一小我只要晓得满足，就不会因为过份的贪婪而获得屈辱的结束），现在是我激流涌退的时候了。”因而正式表示今后缴还兵权，阖门不出。