汉献帝定都许县后，以程昱为尚书。当时兖州尚未绥抚伏贴，因而又以程昱为东中郎将，领济阴太守，都督兖州事。
建安三年（198年），刘备落空徐州，前来归附曹操。程昱劝曹操杀刘备，曹操不听。
攻取荆州后，中原之地大抵安定，曹军权势逐步扩大。一次，曹操抚着程昱之背说道：“当初兖州之败，若非服从你的战略，我又怎能够来到这里呢？”程昱答道：“所谓‘满足不辱’（出自《品德经》第四十四章，指一小我只要晓得满足，就不会因为过份的贪婪而获得屈辱的结束），现在是我激流涌退的时候了。”因而正式表示今后缴还兵权，阖门不出。
初平三年（192年），兖州刺史刘岱辟召程昱为用，程昱不该命出任。当时刘岱与袁绍、公孙瓒和亲，袁绍令老婆居于刘岱处，公孙瓒亦遣处置范方带兵助刘岱守地。厥后袁绍与公孙瓒反面。公孙瓒击破袁绍军，因而遣使向刘岱说要收取袁绍的老婆，令刘岱遣上，并与袁绍断交。公孙瓒又向范方命令：“若刘岱不遣上袁绍家小，便领兵返来。待我定了袁绍，就攻打刘岱。”刘岱连日不能决定，别驾王彧向刘岱说：“程昱有策画，能断大事。”刘岱因而召见程昱问计，程昱说：“如果放弃袁绍这个近援而求于公孙瓒为远助，这即是求人于越地以挽救受溺的儿童一样。并且，公孙瓒亦非袁绍之敌，现在虽稍胜袁绍军队，但终究必为袁绍所擒。如果取其一朝一夕之势而不思虑长远的打算，将军您必败无疑。”刘岱服从其计。因而范方领其兵归去，兵尚未至而公孙瓒已大为袁绍所破。刘岱表奏程昱为骑都尉，程昱却以身疾请辞。
建安四年（199年），曹操调派刘备至徐州截击袁术，程昱与郭嘉向曹操道：“明公前日不撤除刘备，现在更向他借兵，他必然会有异心的。”曹操悔怨，但已追之不及。公然，袁术病身后，刘备去到徐州，杀车胄，举兵背反曹操。
厥后刘岱为黄巾所杀。曹操兵临兖州（治昌邑，今菏泽巨野县东南），辟召程昱，程昱一口承诺。程昱将行之时，他的村夫非常迷惑，说他：“如何你前后的行动如此相背？！”程昱却只笑而不该。程昱初至之时，曹操便跟他议论大事，非常欢畅，以程昱为寿张令。曹操征徐州时，令程昱与荀彧留守鄄城。当时张邈等军作叛，迎吕布入兖，四周郡县呼应，唯有鄄城、范县、东阿不动。有吕布军的降兵，说陈宫欲带兵取东阿，又使氾嶷取范县，吏民皆非常惊骇。荀彧对程昱说：“现在兖州作反，唯有此三城得以保全。陈宫等以重兵临城，如果不能同心结力，三城必震惊。而您是吏民之望，现在归去处他们游说，必然能够胜利！”
建安八年（203年），程昱纠合一伙山间公众及逃亡之徒，得精兵数千人，因而引军与曹操会师黎阳，讨伐袁谭、袁尚。曹操使李典与程昱等以船运军粮。会和魏郡太守高蕃将兵屯河上，断绝水道，曹操对李典、程昱说：“若船不得过，下从陆道。”李典与诸将议曰：“蕃军少甲而恃水，有懒惰之心，击之必克。”程昱亦觉得然。遂北渡河破高蕃，水道得通。二袁破走后，程昱拜为奋武将军，封安国亭侯。
曹操征徐州时，程昱与荀彧留守火线，阻吕布、陈宫雄师，保住三城，因功受封
直至朝议结束后，曹丕分开议堂，特地引见程昱，向其扣问：“您仿佛言犹未尽？”程昱方才表示：“所谓‘能够自行下决定’的轨制，是指面对临时之急，需求尽速立定决策的时候，才气够实施的。现在反贼已经被贾信礼服，此事不会突发过分急剧的异变。是以老臣才不但愿将军急于自作主张，做出独裁的事情。”曹丕这才明白程昱的苦心，叹道：“程君真是考虑得非常殷勤啊！”他立即将河间叛变一事向曹操交代，曹操经居府长史国渊的进劝，公然命令不诛降者。曹操还都晓得来龙去脉后，非常高兴，向程昱说：“程卿不但止明于军事计略，亦长于措置别人父子之间的事情。”