最后江淮局势眼看没法清算，崇祯天子只能让李焕挂帅清算残局，李焕和洪承畴一起共同，在函谷关大破闯军，李自成被杀的只剩下十几人，最后逃入商洛山中。
崇祯十三年冬，皇太极带领满清八旗围攻锦州，誓要打通关宁锦防地，锦州被困以后，朝廷派洪承畴挂帅，统兵二十万前去救济，洪承畴解缆前特地请崇祯天子下旨，要求李焕随他一同出征，担负粮草转运使。
颍州官员因擒获高迎祥有功，皆官升一级，而颍州知州吴世济升任江北巡抚，李焕则升任游击将军，统领江北四镇官兵。
崇祯十七年，李自成先破西安然后包抄北都城，再一次成为瓮中之鳖的崇祯天子只能给李焕命令，让李焕速速带兵进京勤王，接到号令的李焕确切带兵北上，但是借口军费不敷一向未曾进京。
早已见惯了宦海暗中的李焕此时也明白过来，如果没有了闯贼，那他这个平贼将军天然也毫无用处，以是养寇为重才是正道，对于商洛山中的李自成，李焕天然也没有赶尽扑灭。
李焕在江南开端主导朝政，推行鼎新，实施官绅一体纳粮和火耗归公的各项事件，并通过与郑胜利的结合主导海上贸易，自此南明的权势大涨，逐步兼并张献忠余部与李自成余部，构成了南北对峙的局面。
多尔衮占据北京正式立福临为顺治帝，李自成从北京退回陕西西安，张献忠攻占四川称帝，李焕则在南京建立南明。并立崇祯天子第二子为帝，天下堕入四分五裂的地步。
二十万雄师已经快把紫禁城内的崇祯天子给逼疯了，只能一遍遍的催洪承畴从持久战，最后在圣旨和粮草的逼迫下，洪承畴于崇祯十五年冒险与皇太极在松山决斗，很可惜此次洪承畴赌输了，洪承畴本人被活捉，而后叛国投敌。
看着昔日的闯贼摇身一变成为了和本身一模一样官兵，江淮地区的剿匪大业功亏一篑，李焕不由气的冲到总理府，抽出鞭子想给熊文灿一个经验，最后因为冲犯上官，李焕差点被罢官，最后是江北巡抚求请方才免遭此劫。
高迎祥就逮后被当即押送进京，紫禁城内的崇祯天子听闻闯王高迎祥就逮，顿时龙颜大悦，为了一吐胸中的恶气，更加了告慰老朱家的列祖列宗，崇祯天子点头将高迎祥在太庙前千刀万剐，在京五品以上官员都必须去观刑。
崇祯十三年，东北的满清再一次杀入北都城，听到京师报警，卢象升当即带兵驰援，可没想到的是，紫禁城内的崇祯天子和首辅杨嗣昌却想着媾和，因为遭到杨嗣昌和高起潜的架空，卢象升仅仅带着五千人迎敌，最后寡不敌战死疆场。
外有卢象升这个劲敌，再加上内哄严峻，闯军被卢象升开端一一剪除，十三家闯军头领也就只剩下张献忠，罗汝才等寥寥数人罢了，当然另有一人异军崛起，那就是闯王高迎祥的外甥李自成，此人接太高迎祥的闯王名号，持续与卢象升周旋。
卢象升和李焕一同进京，可没想到最后只要李焕一人返回南边，二人别离时，卢象升向崇祯天子保举李焕，由李焕返回南边后持续卖力剿灭闯贼。
崇祯九年玄月，东北的建奴绕过山海关，借道蒙古从娘子关攻入北都城，北都城再一次堕入建奴的包抄当中。
跟着高迎祥的就逮，全部闯军情势急转直下，特别是滁州一战，闯军折损严峻，又没有了高迎祥这个带头大哥镇场子，各个头子谁都感觉本身有资格去争一争闯军大头领这个位置。
银子给到位的闯军头子就是抚，银子没给到位的闯军头子天然就是剿，各路被逼到死路上的闯军听到天底下竟然另有这类功德，天然喜不自胜，纷繁给熊文灿奉上白花花的银子，而熊文灿也是大笔一挥，给张献忠等闯军头领办理了招安手续。