壬寅，以湘州并荆州。
庚午，侃督水军向石头。庾亮、温峤、赵胤帅步兵万人从白石南上，欲应战。峻将八千人逆战，遣其子硕及其将匡孝分兵先薄赵胤军，败之。峻方劳其将士，乘醉瞥见胤走，曰：“孝能破贼，我更不如邪！”因舍其众，与数骑北下突陈，不得入，将回趋白木陂；马踬，侃部将彭世、李千等投之以矛，峻坠马；斩首，脔割之，焚其骨，全军皆称万岁。馀众大溃。峻司马任让等共立峻弟逸为主，闭城自守。温峤乃立行台，书记远近，凡故吏二千石以下，皆令赴台，因而至者云集。韩晃闻峻死，引兵趣石头。管商、弘徽攻庱亭垒，督护李闳、轻车长史滕含击破之。含，修之孙也。商走诣庾亮降，馀众皆归张健。
张健疑弘徽等贰于己，皆杀之，帅舟师自延陵将入吴兴。乙未，扬烈将军王允之与战，大破之，获男女万馀口。健复与韩晃、马雄等轻军西趋故鄣，郗鉴遣军李闳追之，及于平陵山，皆斩之。
赵太子熙闻赵主曜被擒，大惧，与南阳王胤谋西保秦州。尚书胡勋曰：“今虽丧君，境土尚完，将士不叛，且当并力拒之；力不能拒，走未晚也。”胤怒，觉得沮众，斩之，遂帅百官奔上邽，诸征镇亦皆弃所守从之，关中大乱。将军蒋英、辛恕拥众数十万据长安，遣使降后赵，后赵遣石生帅洛阳之众赴之。
仲春，丙戌，诸军攻石头。建生长史滕含击苏逸，大破之。苏硕帅勇猛数百，渡准而战，温峤击斩之。韩晃等惧，以其众就张健于曲阿，门隘不得出，更相蹈藉，死者万数。西军获苏逸，斩之。滕含部将曹据抱帝奔温峤船，群臣见帝，顿首号泣请罪。杀西阳王羕，并其二子播、充、孙崧及彭城王雄。陶侃与任让有旧，为请其死。帝曰：“是杀吾侍中、右卫者，不成赦也。”乃杀之。司徒导入石头，令取故节，陶侃笑曰：“苏武节似不如是。”导有惭色。丁亥，大赦。
夏，四月，乙未，始安忠武公温峤卒，葬于豫章。朝廷欲为之造大墓于元、明二帝陵之北，太尉侃上表曰：“峤虔诚著于圣世，勋义感于人神。使亡而有知，岂乐本日劳费之事！愿陛下慈恩，停其移葬。”诏从之。
臣光曰：庾亮以外戚辅政，首发祸机，国破君危，窜身苟免；卞敦位列方镇，兵粮俱足，朝廷颠覆，坐观胜负。人臣之罪，孰大于此！既不能明正典刑，又以宠禄报之，晋室无政，亦可知矣。任是责者，难道王导乎！
陶侃将救大业，长史殷羡曰：“吾兵不习步战，救大业而不捷，则大事去矣。不如急攻石头，则大业自解。”侃从之。羡，融之兄也。
是时宫阙灰烬，以建平园为宫。温峤欲迁都豫章，三吴之豪请都会稽，二论纷繁未决。司徒导曰：“孙仲谋、刘玄德俱言：‘建康，王者之宅。’古之帝王，不必以丰俭移都。苟务本节用，何忧凋弊！若稼穑不修，则乐土为墟矣。且北寇游魂，伺我之隙，一旦逞强，窜于蛮越，求之望实，惧非良计。今特宜镇之以静，群情自安。”由是不复徙都。以褚翜为丹杨尹。时兵火以后，民物凋残，翜汇集散亡，京邑遂安。
帝之出石头也，庾亮见帝，稽颡哽咽，诏亮与大臣俱升御座。明日，亮复泥首赔罪，乞骸骨，欲阖门投窜山海。帝遣尚书、侍中手诏慰喻曰：“此社稷之难，非舅之责也。”亮上疏自陈：“祖约、苏峻纵肆凶逆，罪由臣发，寸斩搏斗，不敷以谢七庙之灵，塞四海之责。朝廷复何理齿臣于人次，臣亦何颜自次于人理！愿陛下虽垂宽宥，全其首级；犹宜弃之，任其自存自没，则天下粗知规劝之纲矣。”优诏不准。亮又欲遁逃山海，自暨阳东出；诏有司录夺舟船。亮乃求外镇自效，出为都督豫州、扬州之江西、宣城诸军事、豫州刺史，领宣城内史，镇芜湖。