纂叔父征东将军方镇广武，纂遣使谓方曰：“超实忠臣，义勇可嘉，但不识国度大抵，权变之宜。方赖其用，以济世难，能够此意谕之。”超上疏陈谢，纂复其爵位。
以元显录尚书事。时人谓道子为东录，元显为西录；西府车骑填凑，东第门可筹措矣。元显无良师友，所亲信者率皆佞谀之人，或觉得一时英杰，或觉得风骚名流。由是元显日趋骄侈，讽礼官立议，以己德隆望重，既录百揆，百揆皆应尽敬。因而公卿以下，见元显皆拜。时军旅数起，国用虚竭，自司徒以下，日廪七升，而元显剥削不已，富逾帝室。
仲堪多疑少决，咨议参军罗企生谓其弟遵生曰：“殷侯仁而无断，必及于难。吾蒙知遇，义不成去，必将死之。”
佺期勒兵建牙，声云援洛，欲与仲堪共袭玄。仲堪虽外结佺期而内疑其心，苦止之；犹虎弗能禁，遣从弟遹屯于北境，以遏佺期。佺期既不能独举，又不测仲堪本意，乃解兵。
纂惮弘兵强，以位让弘。弘曰：“弘以绍弟也，而承大统，众心不顺，是以违先帝遗命而废之，惭负鬼域！今复逾兄而立，岂弘之本志乎！”纂乃使弘出告众曰：“先帝临终，受诏如此。”群臣皆曰：“苟社稷有主，谁敢违者！”纂遂即天王位。大赦，改元咸宁，谥光曰懿武天子，庙号太祖；谥绍曰隐王。以弘为多数督、督中外诸军事、大司马、车骑大将军、司隶校尉、录尚书事，改封番禾郡公。
东土遭乱，盼望官军之至，既而牢之等纵军士暴掠，士民绝望，郡县城中无复人迹，月馀乃稍有还者。朝廷忧恩复至，以谢琰为会稽太守、都督五郡军事，帅徐州文武戍海浦。
桓玄既克荆、雍，表求领荆、江二州。诏以玄为都督荆、司、雍、秦、染、益、宁七州诸军事、荆州刺史，以中护军桓修为江州刺史。玄上疏固求江州，因而进玄督八州及扬、豫八部诸军事，复领江州刺史。玄辄以兄伟为雍州刺史，朝廷不能违。又以从子振为淮南太守。
初，恩闻八郡呼应，谓其属曰：“天下无复事矣，当与诸君朝服至建康。”既而闻牢之临江，曰：“我割浙江以东，不失作句践！”戊申，牢之引兵济江，恩闻之，曰：“孤不羞走。”遂驱男女二十馀万口东走，多弃宝贝、后代于道，官军竞取之，恩由是得脱，复逃入海岛。高素破恩党于山阴，斩恩所署吴郡太守陆瑰、吴兴太守丘尫、馀姚令吴兴沈穆夫。
纂谓齐从曰：“卿前斫我，一何甚也！”从泣曰：“隐王，先帝所立；陛下虽应天顺人，而微心未达，唯恐陛下不死，何谓甚也！”纂赏其忠，善遇之。
是岁，燕主盛以河间公熙为都督中外诸军事、尚书左仆射，领中领军。
仲堪遣殷遹帅水军七千至西江口，玄使郭铨、苻宏击之，遹等败走。玄顿巴陵，食其谷；仲堪遣杨广及弟子道护等拒之，皆为玄所败。江陵震骇。城中乏食，以胡麻廪军士。玄乘胜至零口，去江陵二十里，仲堪急召杨佺期以自救。佺期曰：“江陵无食，何故待敌！可来见就，共守襄阳。”仲堪志在全军保境，不欲弃州逆走，乃绐之曰：“比来汇集，已有储矣。”佺期信之，帅步骑八千，精甲耀日，至江陵，仲堪唯以饭饷其军。佺期大怒曰：“今兹败矣！”不见仲堪，与其兄广共击玄。玄畏其锐，退兵马头。明日，佺期引兵急击郭铨，几获之。会玄兵至，佺期大败，单骑奔襄阳。仲堪出走酂城。玄遣将军冯该追佺期及广，皆获而杀之，传首建康。佺期弟思平、从弟尚保、孜敬逃入蛮中。仲堪闻佺期死，将数百人将奔长安，至冠军城，该追获之，还至柞溪，逼令他杀，并杀殷道护。仲堪奉天师道，祷请鬼神，不吝财贿，而啬于周急。好为小惠以悦人，病者自为诊脉分药，用计倚伏烦密，而短于鉴略，故至于败。