刘容领青州刺史。刘敬宣在寻阳，聚粮缮船，何尝无备，故何无忌等虽败退，赖以复振。桓玄兄子亮自称江州刺史，寇豫章，敬宣击破之。
魏主珪临昭阳殿改补百官，引朝臣文武，亲加铨择，随才授任。列爵四等：王封大郡，公封小郡，侯封大县，伯封小县。其品第一至第四，旧臣有功无爵者追封之，宗室冷淡及异姓袭封者降爵有差。又置散官五等，其品第五至第九；文官造士才气秀异、武官堪为将帅者，其品亦比第五至第九；百官有阙，则取于此中以补之。其官名多不消汉、魏之旧，仿上古龙官、鸟官，谓诸曹之使为凫鸭，取其飞之迅疾也；谓候官伺察者为白鹭，取其延颈了望也；馀皆类此。
刘裕以诸葛长民都督淮北诸军事，镇山阳；以刘敬宣为江州刺史。
己卯，玄与帝入江陵。冯该劝使更下战，玄不从，欲奔汉中就桓希，而情面乖沮，号令不可。庚辰，夜中，处罚欲发，城内已乱，乃与靠近腹心百馀人乘马出城西走。至城门，摆布于暗中斫玄，不中，其徒更相殛毙，前后交横。玄仅得至船，摆布分离，惟卞范之在侧。
八月，癸酉，葬穆章皇后于永平陵。
高句丽侵燕。
玄月，刁骋谋反，伏法，刁氏遂亡。刁氏素富，奴客纵横，专固山泽，为京口之患。刘裕散其资蓄，令民称力而取之，弥日不尽。时州郡饥弊，民赖之以济。
乞伏乾归及杨盛战于竹岭，为盛所败。
西凉公暠立子歆为世子。
燕王熙与苻后游畋，北登白鹿山，东逾青岭，南临沧海而还，士卒为虎狼所杀及冻死者五千馀人。
是岁，晋民避乱，襁负之淮北者门路相属。
癸巳，谦等帅群臣奉玺绶于帝曰：“主上法尧禅舜，今楚祚不终，百姓之心复归于晋矣。”以琅邪王德文领徐州刺史，振为都督八州诸军事、荆州刺史，谦复为侍中、卫将军，加江、豫二州刺史，帝侍御摆布，皆振亲信也。
卢循寇南海，攻番禺。广州刺史濮阳吴隐之把守百馀日。冬，十月，壬戌，循夜袭城而陷之，烧府舍、民室俱尽，执吴隐之。循自称平南将军，摄广州事。聚烧骨为共冢，葬于洲上，得髑髅三万馀枚。又使徐道覆攻始兴，执始兴相阮腆之。
玄挟帝单舸西走，留永安何皇后及王皇后于巴陵。殷仲文时在玄舰，求出别船汇集散卒，因叛玄，奉二后奔夏口，遂还建康。
六月，毛璩遣将攻汉中，斩桓希，璩自领梁州。
无忌欲乘胜直趣江陵，道规曰：“兵法屈申偶然，不成苟进。诸桓世居西楚，群下皆为极力；振勇冠全军，难与争锋。且可停战养锐，徐以战略縻之，不忧不克。”无忌不从。振逆战于灵溪，冯该以兵会之，无忌等大败，死者千馀人。退还寻阳，与刘毅等上笺请罪。刘容以毅节度诸军，免其青州刺史。桓振以桓蔚为雍州刺史，镇襄阳。
刘毅、何无忌、刘道规、下邳太守平昌孟怀玉帅众自寻阳西上，蒲月，癸酉，与桓玄遇于峥嵘洲。毅等兵不满万人，而玄兵士数万，众惮之，欲退还寻阳。道规曰：“不成！彼众我寡，强弱异势，今若畏懦不进，必为所乘，虽至寻阳，岂能自固！玄虽窃名雄豪，内实恇怯；加上已经奔败，众无固心。决机两阵，将雄者克，不在众也。”因麾众先进。毅等从之。玄常漾舸于舫侧以备败走，由是众莫有斗心。毅等乘风放火，尽锐抢先，玄众大溃，烧辎重夜遁。郭铨诣毅降。玄故将刘统、冯稚等聚党四百人袭破寻阳城。毅遣建威将军刘怀隶讨平之。怀肃，怀敬之弟也。