建武司马刘顺说豫州刺史殷琰使应寻阳，琰以家在建康，未许。右卫将军柳光世自省内出走彭城，过寿阳，言建康必不能守。琰信之，且素无部曲，为土豪前右军参军杜叔宝等所制，不得已而从之。琰以叔宝为长史，表里军事，皆叔宝专之。上谓蔡兴宗曰：“诸处未平，殷琰已复同逆；顷日情面云何？事当济不？”兴宗曰：“逆之与顺，臣无以辨。今商旅断绝，米甚丰贱，四方云合，而情面更安。以此卜之，清荡可必。但臣之所忧，更在过后，犹羊公言：‘既平以后，方当劳圣虑耳。’”上曰：“诚如卿言。”上知琰附寻阳非本意，乃更厚抚其家以招之。
邓琬性鄙暗贪吝，既执大权，父子卖官鬻爵，使婢仆出市道发卖；酣歌博弈，日夜不休；大自矜遇，来宾到门，历旬不得前；内事悉委褚灵嗣等三人，群小横恣，竞为威福。因而士民仇怨，表里离心。
帝召寻阳王长史行会稽郡事孔觊为太子詹事，以平西司马庾业代之；又遣都水使者孔璪入东慰劳。璪说凯以“建康衰弱，不如拥五郡以应袁、邓。”觊遂出兵，驰檄奉寻阳。吴郡太守顾琛、吴兴太守王昙生、义兴太守刘延熙、晋陵太守袁标皆据郡应之。上又以庾业代延熙为义兴，业至长塘湖，即与延熙合。
琬遣孙冲帅龙骧将军薛常宝、陈绍宗、焦度等兵一万为前锋，据赭圻。冲之于道与晋安王子勋书曰：“舟楫已办，东西亦整，全军主动，人争效命；便欲沿流挂帆，直取白下。愿速遣陶亮众军兼行相接，分据新亭、南州，则一麾定矣。”子勋加冲左卫将军；以陶亮变右卫将军，统郢、荆、湘、梁、雍五州兵合二万人，一时俱下。陶亮本无干略，闻建安王休仁自上，殷孝祖又至，不敢进，屯军鹊洲。
邓琬遣其豫州刺史刘胡帅众三万、铁骑二千，东屯鹊尾，并旧兵凡十馀万。胡，老将，勇健多机谋，屡有军功，将士畏之。司徒中兵参军冠军蔡那，后辈在襄阳，胡每战，悬之城外；那进战不顾。吴喜既定三吴，帅所领五千人，并运资实，至于赭圻。
庾业于长塘湖口夹岸筑城，有众七千人，与延熙遥呼应接。沈怀明、张永与晋陵军相持，久不决。外监朱幼举司徒参军督护任农夫骁果有胆力，上以四百人配之，使助东讨。农夫自延陵出长塘，农夫驰往攻之，力战，大破之，庾业弃城走义兴。农夫收其船仗，进向义兴，助吴喜。仲春，己未朔，喜渡水攻郡城，分兵击诸垒，登高指麾，若令四周俱进者。义兴人大惧，诸垒皆溃。延熙赴水死，遂克义兴。
上使冗从仆射垣荣祖还徐州说薛安都，安都曰：“今京都无百里地，非论攻围取胜，自可鼓掌笑杀；且我不欲负孝武。”荣祖曰：“孝武之行，足致馀殃，今虽天下近似，恰是速死，无能为也。”安都不从，因留荣祖使为将。荣祖，崇祖之从父兄也。
军中食少，建安王休仁抚循将士，均其丰俭，吊死问伤，身亲隐恤；故十万之众，莫有离心。
是岁，四方贡计皆归寻阳，朝廷所保，唯丹阳、淮南等数郡，其间诸县或应子勋。东兵已至永久，宫省危惧。上集群臣以谋成败。蔡兴宗曰：“今普天同叛，人有异志。宜镇之以静，至信待人。叛者亲戚布在宫省，若绳之以法，则士崩立至，宜明罪不相及之义。物情既定，人有战心，六军精勇，器甲锋利，以待不习之兵，其势相万耳。愿陛下勿忧。”上善之。
沈怀明、张永、萧道成等军于九里西，与东军相持。东军闻义兴败，皆震恐。上遣积射将军济阳江方兴、御史霸道隆至晋陵视东军情势。孔凯将孙昙抜、程抜宗等列五城，相互连带。抜宗城犹未固，霸道隆与诸将谋曰：“抜宗城既未立，能够藉手，上副圣旨，下成众气。”辛酉，道隆帅所领急攻，拔之，斩抜宗首。永等因乘胜进击昙瓘等，壬戌，昙瓘等兵败，与袁村俱弃城走，遂克晋陵。