太病院下辖八个机构：
明朝也设有太病院，其长官初始称作太病院令，后改称院使。明朝在北京和南京各设一个太病院，但是北京设置的太病院是最高医药办理构造，设有最高医政长官院使，下设院判。而南京太病院只设院判不设院使，以燕从命于北京太病院的带领。清朝只设一个太病院，院使正五品，统辖医药行政及医疗大权，清初，御药房也划归太病院办理，天下医官同一由太病院差派、考核、起落，从而加强了同一带领。但这类体制未能对峙下去，礼部管生药库，总管寺人管御药房，减弱了太病院的服从。清朝中晚期，医政办理较为混乱。总之，从金至清，太病院作为天下性医政兼医疗的中枢机构持续了七百多年。
太病院署址的变迁之清朝
明清期间编辑
御药局“掌两都行箧药饵”。内设达鲁花赤一人、局使二人、副使二人。
清朝的太病院，轨制大抵以下：
王惟德，别名王唯一，是宋朝闻名针灸学家，曾任翰林医官、殿中省尚药奉御。天圣初年，受命编修针灸册本，他对古医书中有关针灸的记录和针灸图式详加订正，并对历代医家的针灸实际停止体系总结，于天圣四年(1026年)编成《铜人睮穴针灸图经》三卷。天圣七丰(1029年)由当局颁行天下，作为学习针灸及临证取穴的标准。他还设想并主持锻造明堂针灸铜人两具。铜人的躯体、脏腑可分可合，体表用金字标有针灸穴位称呼，穴孔处涂以黄蜡，内里是空的，可注水。如果按针灸分寸精确进针，内里的水，便可自孔穴流出，不然不能刺入。它是当时作为针灸讲授和测验大夫用的。
御药院“掌受各路香贡，诸番进献贵重药品，修造汤煎”。内有达鲁花赤一人、大使二人、副使三人、直长一人、都监一人。