其他梁山老兄弟都是武将出身，三娘在天下设立了东西南北中五雄师区，卖力统领天下兵马，卖力戍边和保卫处所。其他梁山武将及田虎、方腊麾降落将都在五雄师区以内担负军职，其间就不一一赘述。总之三娘为跟从本身的一干老兄弟都安排好了，除了担负军职以外，三十六天罡正将都按军功封了侯爵或伯爵之位，其他将佐或封男爵、子爵，都有爵位封赏。
凡分受官员禀奏，吏部主管封赏以外，还要管各地官吏的任免、官吏的年绩核考、官吏升迁降职等事件。与宋制分歧的是，三娘将各州县小吏也定了品级，正式归入官员体系，也普通的有升迁调剂，而不是像宋朝那样，小吏永久只是小吏，干了几十年还是一个小吏，并且小吏也能通过考核正式升任官员，只不过考核的内容比较变态，难度很高，除了在任时候的政绩以外，还要有一技之长，然后是严格的测验，测验题目天然是近似后代的公事员测验，只不过扈元朝的公事员测验更重视合用。
水兵部以李俊为首，旗下辖四大水兵舰队并长江、黄河两大南北水系内河水军。四大舰队便是北海舰队、南海舰队、东海舰队以及远洋舰队，别离以阮小2、阮小5、阮小7、张顺为提督，总领四大舰队，“赤须龙”费保、“卷毛虎”倪云、“瘦脸熊”狄成、“太湖蛟”卜青四人分为四大舰队副提督。另有张横为内河海军总提督，童威童猛两兄弟别离为南北海军提督。
而兵部此次官制变动最惹人谛视标就是兵部之下设立的兵甲司和后勤司，这两个司部承担的职责便是把各军统军将领手中的权力剥了过来，赋税甲器一应军中所需此后由户部这两个司承担，就不再是一军将领掌控全军的赋税甲器了。这也是三娘早早的把制止部下将领坐大的手腕使了出来，只要节制住一军的赋税甲器命脉，再强的将领也不能掀起甚么风波来，这也意味着三娘对天下军队的节制更加松散了，此后军队便是国度的军队而不是哪一个将领的军队了。
定下国号与都城以后，三娘改年号为宣武，以次年为宣武元年，册封鲁王世子扈宗明为太子。改宋朝官制，建立元朝官制，正式建立中书省总理政务，以太子扈宗明为中书令，而后中书令均由元朝皇太子兼领，定为虚衔。中书省长官，中书令以下，设左、右丞相为实任的宰相，以宗泽为左相，宿元景为右相。下设平章政事四员、摆布丞各一员、参知政事两员为副相，以李纲、黄裳、汪藻、杨时为平章政事，黄文炳为左丞，娄敏中为右丞，闻焕章、高俅为参知政事。
参谋部便是朱武为首，官拜枢密院佥事，下首有唐斌、文仲容、孙安、李应、朱仝、杨志六员大将为辅，官拜枢密院院判。谍报司以燕青为首，官拜枢密院佥事，下首马灵、郑鹰、时迁、白胜四报酬辅，官拜枢密院院判。
户部主管天下赋税、人丁口数、农田地盘数量、各军甲器、各种牲口数量等，总之户部不但承担了后代统计局的差事，还兼着渔业部和农业部的差事。本来三娘想要一次性把后勤部和农业部伶仃剥离出来，但总感觉一下子搞出八部来也过分烦琐，还是精简些机构较好，是以在户部下设了渔业司和农林司。
礼部承担的职司不便，还是礼乐之事、科举之事和涉外之事，三娘特别减轻了理藩院的职责，并规定此后前来朝拜的藩属之国，在行礼之时，定是要公允买卖，三娘可不是那些抱着天朝上国的思惟，别国进贡一些土特产，然后天朝上国为了面子题目，就赐下一些丝绸、茶叶、瓷器等等，每次朝贡行礼都是亏蚀的。