而兵部此次官制变动最惹人谛视标就是兵部之下设立的兵甲司和后勤司，这两个司部承担的职责便是把各军统军将领手中的权力剥了过来，赋税甲器一应军中所需此后由户部这两个司承担，就不再是一军将领掌控全军的赋税甲器了。这也是三娘早早的把制止部下将领坐大的手腕使了出来，只要节制住一军的赋税甲器命脉，再强的将领也不能掀起甚么风波来，这也意味着三娘对天下军队的节制更加松散了，此后军队便是国度的军队而不是哪一个将领的军队了。
军事上，三娘保存了枢密院，设枢密使正副各一人，以种师中为枢密使，卢俊义为枢密副使，种师中年龄已高，实在枢密院的实权都在卢俊义手中。再设枢密院同治六人，别离委以关胜、岳飞、林冲、王禀、王彦、呼延灼六人出任。枢密院在三娘的官制体系中更方向实际领军作战，自扈元朝建国以后，每遇战事都是枢密院内将领出征领军作战。
刑部除了掌管科罚以外，三娘设立了监察司，首要就是卖力监察百官的规行。同时刑部被剥夺了公布刑法的权力，刑部此后就尽管查案、审案、断案，扈元朝统统的法律皆由中书令公布。刑部多出的一个司部是差人司，刑部掌管的差人司卖力办理各地设立的差人所，就是卖力保持处所治安。
本来群臣大多都反对迁都燕京的，启事很简朴，燕京那边人丁太少，水运漕运也不及开封便当，实在不是帝都的首选，但三娘还是力排众议，定下便在次年迁都，便另有一年光阴筹办。
扈元朝的中书省自中书令以下，实权人物共有十人，便是替天子掌控天下军政大事的中枢，中书省也被后代称为十人内阁，得入中书省的都顶着各殿大学士的名号，后为常例。