固然曾国藩屡辞不获之下，又受了朝廷几顶夸他“老成慎重，前在江南多年，景象熟谙，措置皆宜”等高帽，不得不勉强到差，倒是一起迟延。到达江宁后，每天不过会客看书，也并不急着审案。
而厥后在与郑敦谨共同审案的过程中，曾国藩又常常沉默寡言，极少发问。郑敦谨停止了将近半个月的审判后，曾国藩不过是淡淡的提示郑敦谨，恐怕案子还得象之前那样奏结。曾国藩的悲观态度中有甚么样的隐情，耐人寻味。
他在分开江宁之日，对曾国藩按宦海礼节致送的程仪（送别礼金）拒而不纳，如此不给面子的行动，是不是要表示对与曾国藩会审成果的不满？而郑去官后毕生不复退隐，又是甚么样的启事让贰心灰意冷？
过后，湘军中人多有回籍购田置地，大起豪宅的。当时朝廷曾让时任两江总督的曾国藩查报承平天国国库的下落，曾国藩却只对以天王府已被大火焚毁，瓦砾全无。而马新贻要调查此事，不被杀人灭辩才怪。
起首是参与会审的两位马新贻亲信――江宁布政使孙衣言、营务处总办袁保庆（袁世凯的叔叔，后过继为其子）都回绝在奏结上具名“书诺”，也就是不承认审判的成果。
后代史家，多持湘军“刺马”说。以为起码有以下三个来由，令湘军必“刺马”而后快：
就如许几派钦差重臣，折腾了大半年，到1871年3月14日，曾国藩、郑敦谨联衔上奏，以“漏网发匪逆党挟恨复仇”具结该案，刺客张文祥被处凌迟极刑，并剖心致祭马新贻。一件大案至此，仿佛已成定验。但是，参审官员过后的各种非常表示，却令人感觉此案结犹未结，另有不能道破的隐情。
孙衣言更把质疑写到了马新贻的墓志铭上：“贼悍且狡，非酷刑不能得实，而背叛遗孽刺杀我大臣，非律统统，宜以经断用重典，使天下有所害怕，而狱已具且奏，衣言遂不书‘诺’。呜呼！衣言之以是力图，亦岂独为公一人也哉？”直指供词不实，忿忿不满之情溢于言表。
慈禧更是先一步获得动静，她当天下午即将曾国藩与李鸿章召到仪鸾殿筹议。慈禧太后坐在鸾座之上问道：“这事岂不甚奇？”曾国藩何样机灵？因为事涉本身原任的两江之地，曾国藩仓猝诚惶诚恐地答复：“这事很奇。”却不敢再说甚么。
后慈禧太后又以五百里抓紧的上谕，指派漕运总督张之万（张之洞的哥哥）“驰赴江宁，会同熬审”同时调直隶总督曾国藩接任两江总督主审此案，12月再加派刑部尚书郑敦谨以软差大臣身份驰赴江宁复审。
岂料天京在被湘军“九帅”曾国荃率军围困四十余天陷掉队，这笔财宝却不翼而飞。有传闻指曾国荃攻进天京后，纵兵将天王府掳掠一空，然后一火焚之。
冷眼人不丢脸出这此中的猫腻，如果说刺马案跟湘军个人没有任何干系？这话估计没有一小我信赖，更何况曾国藩固然不在，但湘军真正的统帅曾国荃始终对此不颁发任何定见和态度。
其子马毓桢加恩赐给主事，分刑部学习行走。其后代子子孙孙可世袭“骑都尉兼云骑尉”的职位。又令在马新贻曾经为官的江宁、庐州等地及其故乡荷泽建立专祠，春秋官为之致祭。这些恩赐总算仁至义尽。
第2、几万湘军士卒被裁撤后，此中不乏将领。这些人并不回籍务农，而是到处浪荡掳掠，有些人插手了“哥老会”（又称“袍哥”，源于四川，是近代中国活泼于长江流域，阵容和影响都很大的一个奥妙结社构造，传说中是“六合会”的分支），如许就扩大了黑权势，成为社会的一至公害。