马新贻被刺后，执掌朝政的慈禧太后和恭亲王明显看出了一些端倪，急调湘军老祖宗曾国藩回两江坐镇，以防局面变坏。但曾国藩态度却很奇特，两度上折称病请辞江督。
他在分开江宁之日，对曾国藩按宦海礼节致送的程仪（送别礼金）拒而不纳，如此不给面子的行动，是不是要表示对与曾国藩会审成果的不满？而郑去官后毕生不复退隐，又是甚么样的启事让贰心灰意冷？
第2、几万湘军士卒被裁撤后，此中不乏将领。这些人并不回籍务农，而是到处浪荡掳掠，有些人插手了“哥老会”（又称“袍哥”，源于四川，是近代中国活泼于长江流域，阵容和影响都很大的一个奥妙结社构造，传说中是“六合会”的分支），如许就扩大了黑权势，成为社会的一至公害。
后慈禧太后又以五百里抓紧的上谕，指派漕运总督张之万（张之洞的哥哥）“驰赴江宁，会同熬审”同时调直隶总督曾国藩接任两江总督主审此案，12月再加派刑部尚书郑敦谨以软差大臣身份驰赴江宁复审。
接着召见过马新贻，升其为两江总督，以后马便在其密旨的受权下开端了对湘军的财务调查。就在马新贻即将把承平天国财产去处弄清楚的时候，“刺马”案俄然产生。
郑敦谨翰林出身，前前任左都御史、刑部尚书（相称于本日的最高监察长官和司法部长），因为办案铁面忘我博得“郑彼苍”之名。
但是这又那边是那么轻易的？别的不说他的湘军就是一个话柄，以是他对于朝廷要裁撤湘军的定见是尽力共同和支撑，但当时湘军权势强大，更有传言曾国藩有野心，因而慈僖太后先把曾国藩调离江宁。
孙衣言更把质疑写到了马新贻的墓志铭上：“贼悍且狡，非酷刑不能得实，而背叛遗孽刺杀我大臣，非律统统，宜以经断用重典，使天下有所害怕，而狱已具且奏，衣言遂不书‘诺’。呜呼！衣言之以是力图，亦岂独为公一人也哉？”直指供词不实，忿忿不满之情溢于言表。
过后，湘军中人多有回籍购田置地，大起豪宅的。当时朝廷曾让时任两江总督的曾国藩查报承平天国国库的下落，曾国藩却只对以天王府已被大火焚毁，瓦砾全无。而马新贻要调查此事，不被杀人灭辩才怪。
就如许几派钦差重臣，折腾了大半年，到1871年3月14日，曾国藩、郑敦谨联衔上奏，以“漏网发匪逆党挟恨复仇”具结该案，刺客张文祥被处凌迟极刑，并剖心致祭马新贻。一件大案至此，仿佛已成定验。但是，参审官员过后的各种非常表示，却令人感觉此案结犹未结，另有不能道破的隐情。
清廷先命江宁将军魁玉会同两江“严讯”，“务将因何行刺启事及有无主使之人一一审出，据实奏闻”。魁玉等复奏：“凶犯……直认行刺不讳，而讯其行刺之由，尚属支离狡猾”。
第1、湘军自186~4年攻陷承平天国都城“天京”（也就是江宁，今南京）后，就视两江为本身的地盘。但朝廷却不容湘军坐大，1868年把曾国藩由两江总督调任天子脚下的直隶总督，派不属湘军体系的马新贻继任，并落实裁撤湘军。
两江总督马新贻在大街上公开被刺杀，不但是让江宁各级的处所官慌了手脚，更让某些大人物也意想不到，这件事形成的影响太严峻了。
起首是参与会审的两位马新贻亲信――江宁布政使孙衣言、营务处总办袁保庆（袁世凯的叔叔，后过继为其子）都回绝在奏结上具名“书诺”，也就是不承认审判的成果。