过后，湘军中人多有回籍购田置地，大起豪宅的。当时朝廷曾让时任两江总督的曾国藩查报承平天国国库的下落，曾国藩却只对以天王府已被大火焚毁，瓦砾全无。而马新贻要调查此事，不被杀人灭辩才怪。
岂料天京在被湘军“九帅”曾国荃率军围困四十余天陷掉队，这笔财宝却不翼而飞。有传闻指曾国荃攻进天京后，纵兵将天王府掳掠一空，然后一火焚之。
他在分开江宁之日，对曾国藩按宦海礼节致送的程仪（送别礼金）拒而不纳，如此不给面子的行动，是不是要表示对与曾国藩会审成果的不满？而郑去官后毕生不复退隐，又是甚么样的启事让贰心灰意冷？
两江总督马新贻在大街上公开被刺杀，不但是让江宁各级的处所官慌了手脚，更让某些大人物也意想不到，这件事形成的影响太严峻了。
其次，钦差大臣郑敦谨审结出奏以后，不等朝廷答复，就仓促分开江宁；未及回京复命，就半途称病去官回家。按清制，钦差不回京复命是要受处罚的。而郑竟然置之不睬，不免令人惊奇。
第2、几万湘军士卒被裁撤后，此中不乏将领。这些人并不回籍务农，而是到处浪荡掳掠，有些人插手了“哥老会”（又称“袍哥”，源于四川，是近代中国活泼于长江流域，阵容和影响都很大的一个奥妙结社构造，传说中是“六合会”的分支），如许就扩大了黑权势，成为社会的一至公害。
孙衣言更把质疑写到了马新贻的墓志铭上：“贼悍且狡，非酷刑不能得实，而背叛遗孽刺杀我大臣，非律统统，宜以经断用重典，使天下有所害怕，而狱已具且奏，衣言遂不书‘诺’。呜呼！衣言之以是力图，亦岂独为公一人也哉？”直指供词不实，忿忿不满之情溢于言表。
慈禧更是先一步获得动静，她当天下午即将曾国藩与李鸿章召到仪鸾殿筹议。慈禧太后坐在鸾座之上问道：“这事岂不甚奇？”曾国藩何样机灵？因为事涉本身原任的两江之地，曾国藩仓猝诚惶诚恐地答复：“这事很奇。”却不敢再说甚么。
坊间传闻四起，说甚么的都有，有说张文祥实在是反清义士。曾经是跟从承平天国的一些小构造小权势里的人，杀马新贻乃是杀身成仁的豪举，有说马新贻在江宁敛夺财物，抢了张文祥家的祖宅，更有桃色的说法，说是张文祥的娇妻被马新贻所抢！总之说甚么的都有，社会上传的一片乌烟瘴气。
后代史家，多持湘军“刺马”说。以为起码有以下三个来由，令湘军必“刺马”而后快：
曾国藩此时即是背了黑锅，他的所获实在是未几，但这事情即是黄泥巴掉到了裤~裆里――不是屎也是屎了，曾国藩有苦说不出，这明显是有人泄漏了他的那些非常隐蔽的事情，这让他非常气愤，现在消弭朝廷对他的猜忌才是重中之重。
第1、湘军自186~4年攻陷承平天国都城“天京”（也就是江宁，今南京）后，就视两江为本身的地盘。但朝廷却不容湘军坐大，1868年把曾国藩由两江总督调任天子脚下的直隶总督，派不属湘军体系的马新贻继任，并落实裁撤湘军。
比来的一件也只在唐朝元和十年的时候（公元815年），丞相武元衡在早朝时为盗所害。到现在已经一千多年了，目前身边又出此事，实在让朕深为骇异。”当即下旨：江宁将军魁玉同司道各官从速严讯，务得确情，尽法惩办。
冷眼人不丢脸出这此中的猫腻，如果说刺马案跟湘军个人没有任何干系？这话估计没有一小我信赖，更何况曾国藩固然不在，但湘军真正的统帅曾国荃始终对此不颁发任何定见和态度。