■万历十三年(1585)春正月十九日，四川建武所兵变，击伤总兵沈思学。
十仲春八日，寺人冯保被贬为奉御，百口削去官籍。十八日，规复建言诸臣职务。
冬十月十四日，施助徐州及丰、沛、睢宁、金乡、鱼台、单、曹七县水患，免除分歧数量的田租。
冬十月初九，中断行刑。二十九日，完成黄河决口筑堤工程。
仲春十七日，免除兖、青、登、莱所辖地区的拖欠赋税。十九日，册立王氏为皇后。
夏蒲月十六日，祭奠地于北郊。
仲春初七，施助广西饥荒。
冬十一月初四，朱翊钧诏令诸司订立章程限定文书上报时候，以防提早缓慢。
八月初二，祭奠先师孔子。当年春季，黄河在崔镇决口。
三月初九，被夺职和升迁的官员上朝面谢。今后今后天子临御逐步减少。十六日，云南永昌生兵变。十八日，赐焦..等人以进士落第和其他不称出身。
仲春十九日，吴松批示陈懋功讨伐并安定乱贼。
三月二十二日，减少江西瓷器的烧造。
秋七月初二，吏部尚书孙丕扬要求批推举补缺官员的奏章，未予答复。十三日，仁圣皇太后驾崩。二旬日，开端调派中官在畿内开矿。不久，河南、山东、山西、浙江、陕西之矿皆获准开采，以中官统领。群臣多次进谏，皆未听取。
六月初六，以云南用兵为由，免除税粮及拖欠赋役。
八月十八日，兵部右侍郎宋应昌经略防备倭寇之军务。二十二日，朝廷诏谕各地督抚保举将材。
八月初五，免除河南受灾处所的田租。
当年，又免除京畿内、山西受灾害之地的税粮。哈密、乌斯藏曾来京朝贡。
冬十月二十二日，因议论张居正因父丧事而穿素服办公、不插手吉礼一事，编修吴中行、检验赵三贤、员外郎艾穆、主事沈思孝等皆受杖刑，并别离被夺职和废黜，乃至遭到贬谪和戍边。二十四日，进士邹元标被杖击，进而将其戍边。
八月初三，朱翊钧以频蕃殖灾害为由，命各抚、按官员力惩赃官，清理冤案，减免赋税，施助抚恤百姓。
这一年，有乌斯藏前来朝贡。
夏四月十五日，总兵官李如松提督陕西讨贼军务。二十六日，甘肃巡抚都御史叶兰梦率兵会同魏学曾讨贼。扯力克擒住贼，开关献俘，因而朝廷返还其两年互市犒赏。
仲春二十九日，犒劳东征将士。
■万历七年(1579)春正月二十二日，朱翊钧下诏摧毁天下书院。
秋八月十一日，礼部侍郎张四维被升为礼部尚书兼任东阁大学士，参与秘密事件。十二日，黄河在高邮、砀山决口。二十三日，朝廷免除淮、扬、凤、徐等生水患之地的田租。
夏四月月朔，朱翊钧告谕礼部，要倡导百姓及时耕作农桑，不要游手好闲。初七，宁夏土军马景殛毙参将许汝继，巡抚都御史晋应槐领兵对其讨伐并诛杀了他。十三日，因为久旱不雨，号令百官修身检验。
夏四月初三，李宗城从倭营跑回王京。
闰八月月朔，日蚀。初三，大学士赵志皋奏请朱翊钧临朝在朝，批章奏，结束开矿，未予答复。
十仲春初二，前礼部侍郎王锡爵担负礼部尚书兼文渊阁大学士，吏部侍郎王家屏兼东阁大学士，参与秘密事件。二十二日，停止开采银矿。
夏四月月朔，日蚀。
十仲春十六日，朱翊钧调派朝廷大臣九人观察边防。
十仲春初九，施助榆林、延绥饥荒。二十二日，以穆宗驾崩不久为由，下诏免设元夕灯火及宫中宴席。