是年，畿内蝗，南畿、浙江大水，蠲振有差。琉球入贡。
●■●隆庆二年，立为皇太子，时方六岁。性岐嶷，穆宗尝驰马宫中，谏曰：“陛下天下主，独骑而骋，宁无衔橛忧。”穆宗喜，上马劳之。陈皇后病居别宫，每晨随贵妃候起居。后闻履声辄喜，为强起。取经籍问之，无不响答，贵妃亦喜。由是两宫益和。
夏四月丙寅，诏表里官行久任之法。
三月丙寅，大阅。是月，土蛮犯辽阳，副总兵曹簠御之，败绩。
玄月甲午，葬庄天子于昭陵。
六月戊辰，禁廷臣奢僭。是月，京师大雨。振恤穷户。
六月壬申，振淮安水患。
冬十月乙巳，以论张居正夺情，杖编修吴中行、检验赵用贤、员外郎艾穆、主事沈思孝，免除谪戍有差。丁未，杖进士邹元标，戍边。
■六年春正月，筑决河堤。
六月壬子，王锡爵归省。
六月乙卯朔，日有食之。甲子，即天子位。以来岁为万历元年，诏赦天下。祀建文朝尽节诸臣于乡，有苗裔者恤录。庚午，罢高拱。丁丑，高仪卒。壬午，礼部尚书吕调阳兼文渊阁大学士，预机务。
冬十一月辛酉，禁章奏浮冗。
冬十月癸未，停刑。癸卯，黄河决口工成。
玄月甲申，如天寿山谒陵。己丑，还宫。
冬十月癸亥，停刑。辛未，河南水患，蠲振有差。
■十一年春正月壬戌，敕严边备。
夏四月乙丑，潮、惠贼平。庚午，旱，谕百官修省。
秋七月庚子朔，日有食之。乙丑，召见阁臣议边事，命廷臣举将材。己巳，兵部尚书郑雒经略陕西四镇及山西、宣、大边务。是月，火落赤再犯河州、临洮，总兵官刘承嗣败绩。
是年，江北大水，淮溢，浸泗州祖陵。
是年，振江北、湖广、河南、浙江、山东饥。河南矿贼大起。乌斯藏入贡。
秋七月癸酉，免陕西逋赋。甲戌，副总兵祖承训帅师援朝鲜，与倭战于平壤，败绩。甲申，罢三边总督魏学曾，以叶兰梦代之，寻逮学曾下狱。
■二十一年春正月甲戌，李如松攻倭于平壤，克之。辛未，王锡爵还朝。辛巳，诏并封三皇子为王，廷臣力图，寻报罢。壬午，李如松打击王京，遇倭于碧蹄馆，败绩。
蒲月甲午，京师地动。
夏四月乙未，免湖广、四川逋赋。丙午，诏户部岁增金花银二十万两。
■五年春正月己酉，诏凤阳、淮安力举营田。
仲春乙酉，总兵官尤继先败火落赤余众于莽剌川。
夏四月戊子朔，谕礼部，令民及时农桑，勿事游惰。甲午，宁夏土军马景杀参将许汝继，巡抚都御史晋应槐讨诛之。庚子，以久旱敕修省。
十仲春辛未，诏罢来岁元夕灯火。
冬十月庚申，大学士申时行请留中章奏。
三月甲申，大雩。己丑，李成梁出塞袭把兔儿炒花，大破之。壬辰，减杭州织造及尚衣监料银。尚宝司少卿徐贞明督治京畿水田。
秋七月丁卯，吏部尚书孙丕扬请推补官员章疏，不报。戊寅，仁圣皇太后崩。乙酉，始遣中官开矿于畿内。未几，河南、山东、山西、浙江、陕西悉令开采，以中官领之。群臣屡谏不听。
八月己巳，振山西灾。庚午，振淮、扬、徐水患。
是年，土鲁番、乌斯藏入贡。
三月己亥，减江西烧造瓷器。
冬十月丙申，苏、松大水，蠲振有差。
是年，安南、琉球、乌斯藏、土鲁番、天方、撒马儿罕、鲁迷、哈密入贡。