冬十月丙子，停刑。乙酉，始射中官榷税通州。是后，各省皆设税使。群臣屡谏不听。
冬十月己亥，土蛮犯广宁、义州，李成梁御却之。
六月庚辰，复遣内臣督苏、杭织造。
秋八月丙子，礼部侍郎张四维为礼部尚书兼东阁大学士，预机务。丁丑，河决高邮、砀山。戊子，免淮、扬、凤、徐被水田租。
■十九年春正月，顷甸寇永昌、腾越。
仲春戊寅，祀大社大稷。辛巳，诏南京职务清简，官不必备。丙申，始命日讲官分直记注起居，纂缉章奏，临朝侍班。
蒲月辛卯，礼部尚书陈于陛、南京礼部尚书沈一贯并兼东阁大学士，预机务。庚子，王锡爵致仕。
夏四月丁酉，振山西被灾州县。乙卯，振苏、松、淮、凤、徐、宿灾。户部进《万历管帐录》。
蒲月辛丑，穆宗神主祔太庙。
六月己酉，雷雨，西华门灾。敕修省。
■二十四年春仲春戊申，麻贵袭河套部，败之。
十一月己丑，余有丁卒。
是年，安南、琉球、暹罗、土鲁番入贡。
冬十月辛丑，汰表里冗官。乙巳，振苏、松、常、镇饥。
六月辛亥，以云南用兵，免税粮及逋赋。
冬十月己未，南京兵部右侍郎邢玠总督川、贵军务，讨播州宣慰使杨应龙。丁卯，诏倭使入朝。是月，炒花犯辽东，总兵官董一元败之。
秋八月己酉，京师地动。
六月丁酉，诏天下每岁夏月录囚，减释轻系，如两京例。癸卯，倭使小西飞请款。
十仲春甲辰，前礼部侍郎王锡爵为礼部尚书兼文渊阁大学士，吏部侍郎王家屏兼东阁大学士，预机务。癸亥，罢开银矿。
六月乙未，张居正还京师。
是年，琉球入贡。
三月癸巳，赐孙继皋等进士落第、出身有差。
六月庚申，京师地动。甲子，以灾伤停减苏、杭织造。
夏四月丙申，享太庙。是后庙祀皆遣代。
夏四月乙丑，潮、惠贼平。庚午，旱，谕百官修省。
闰玄月戊戌，振淮、凤灾。癸卯，如天寿山阅寿宫。戊申，还宫。庚申，停刑。
八月壬戌，释奠于先师孔子。是秋，河决崔镇。
是年，琉球入贡。
冬十月己未，侍郎王遴、吴百朋、汪道昆分阅边防。辛酉，停刑。
冬十月壬寅，李如松提督蓟、辽、保定、山东军务，充防海御倭总兵官，救朝鲜。是月，振畿内、浙江、河南被灾诸府蠲租有差。
●■●隆庆二年，立为皇太子，时方六岁。性岐嶷，穆宗尝驰马宫中，谏曰：“陛下天下主，独骑而骋，宁无衔橛忧。”穆宗喜，上马劳之。陈皇后病居别宫，每晨随贵妃候起居。后闻履声辄喜，为强起。取经籍问之，无不响答，贵妃亦喜。由是两宫益和。
秋八月丙辰，免山西被灾税粮。
六月乙卯朔，日有食之。甲子，即天子位。以来岁为万历元年，诏赦天下。祀建文朝尽节诸臣于乡，有苗裔者恤录。庚午，罢高拱。丁丑，高仪卒。壬午，礼部尚书吕调阳兼文渊阁大学士，预机务。
■六年蒲月，穆宗崩。
秋八月壬寅，严匿名揭之禁。
冬十月丙申，停刑。
是年，免畿内、山西被灾税粮。哈密、乌斯藏入贡。
十仲春辛丑，大学士赵志皋等请留中章奏，不报。
六月辛卯，核两畿、山东、陕西勋戚田赋。
神宗范天合道哲肃敦简光文章武安仁止孝显天子，讳翊钧，穆宗第三子也。母贵妃李氏。