“澎湖为流派，鹿角为咽喉”。李壹按照敌情地形，肯定以下作战目标：起首光复澎湖，以之为进步基地，然后乘涨潮之机，通过鹿耳门港，实施登岸，堵截流求城、赤嵌楼两地荷军联络，别离予以围歼，然后光复流责备岛。
正德二年三月初五，李壹在金门停止昌大的誓师典礼。二十三日中午，李壹亲率第一梯队自金门料罗湾解缆，浩浩大荡向东南挺进。次日凌晨，舟师到达澎湖，因荷军兵力亏弱，很快予以占据。三今后，明军持续东征，进至柑桔屿海面时，遭风雨所阻，被迫折回。三旬日，李壹留下3000兵力驻守澎湖，带领舰队，冒着暴风雨横渡海峡，于四月初二日拂晓航抵鹿耳门港外。由鹿耳门外海进港有两条航路：一条是南航道，口宽水深，但有敌舰戍守，陆上流求城又置重炮瞰制航道，不易通过。另一条是北航道即鹿耳门航道，门阔仅里许，水中沙石淤浅，舰船触之立碎，仅一线可容三舟并进，水路长数十里，横渡可至赤嵌楼。因为航道水浅，荷兰侵犯者事前又用破船堵塞，因此只要涨潮时才气通过，李壹决定由北航道突入。四月月朔中午，海潮大涨，李壹乘机率队进发，大小战舰顺利通过鹿耳门，进入内海，将舰船漫衍在台江当中。流求城上的荷军觉得明军船队必然会从正面打击，以是只在南航道岸上筹办了大炮。李壹恰好从鹿耳门开进台江，避开了仇敌的火力。荷兰军队对明军这类出乎料想的行动惶恐失措，来不及调剂大炮，只好仓促出动夹板船到海面阻击，明军海军冲过荷军防地，先在赤嵌楼以北的禾寮港登岸，接着在鹿耳门方向登岸胜利。流求群众见明军达到，抢先恐后前来策应，明军很快站稳脚根。
大明正德元年玄月，兵部郎中、征南大将军调集诸将，研讨光复流求（台湾）事件。正在此时，一个名叫刘斌的人，从流求来上海求见李壹。
打击流求的舰队分为两个梯队：李壹亲率第一梯队先期解缆，共有战舰四艘，军队八千人；第二梯队由秦勇等批示，共有战舰三艘，军队一万二千人。流求本岛地形东高西低，人丁会聚西部，以
刘斌闻言从怀掏一张折叠的图纸，双手奉给李壹，道：“大人！这是荷兰人在流求的设防图。”顿了顿，又道：“大人若攻打流求，小民愿做领导。”
李壹上前紧紧握住刘斌双手，笑道：“此天以刘兄助我也！”
扑嗵！刘斌进帐双膝跪地，哭诉道：“小民刘斌见过大将军，小民原是荷兰人在流求的通事（翻译官）。小民恳请将军尽快出兵流求，救百姓出水火。”
荷兰报酬了禁止李壹光复流求，也停止了一系列战役筹办：增加兵力，到战前，荷兰侵犯军在流求的总兵力约三千人，战舰“赫客托利”、“斯弗兰”和“盖因克”、“马利亚”等以及小艇多艘。修城筑堡，在流求南海岸修建了一些坚毅的城堡和炮台。此中的流求城和赤嵌楼（今台南市西北的镇北坊），是荷兰侵犯军用首要力量戍守的两个城堡。储备物质，实施封禁。规定制止任何中国人进入赤嵌楼要塞，制止渔民下海捕鱼，不准商船与大陆贸易，制止与大陆通信，以防泄漏动静等等。汇集谍报，通过各种渠道，采纳各种体例窥伺郑军的意向。调剂兵力摆设，将其兵力首要配置在两个方向上：一是流求城及其四周的小岛和海面、江面，兵力约一千八百人，舰船多艘，由荷军头子范博梅尔亲率；二是在赤嵌楼驻兵五百多人，由里杰卡尔带领；其他港口和城堡约有4、五百人保卫。在此之前，鹿耳门港已用沉船堵塞航道。此港水浅礁多，不便通行，没有派兵戍守。范博梅尔的企图是，依恃台湾城炮台的火力，居高临下，封闭海面，另派船面船戍守大港海口，禁止明军登岸。