打击流求的舰队分为两个梯队：李壹亲率第一梯队先期解缆，共有战舰四艘，军队八千人；第二梯队由秦勇等批示，共有战舰三艘，军队一万二千人。流求本岛地形东高西低，人丁会聚西部，以
“澎湖为流派，鹿角为咽喉”。李壹按照敌情地形，肯定以下作战目标：起首光复澎湖，以之为进步基地，然后乘涨潮之机，通过鹿耳门港，实施登岸，堵截流求城、赤嵌楼两地荷军联络，别离予以围歼，然后光复流责备岛。
正德二年三月初五，李壹在金门停止昌大的誓师典礼。二十三日中午，李壹亲率第一梯队自金门料罗湾解缆，浩浩大荡向东南挺进。次日凌晨，舟师到达澎湖，因荷军兵力亏弱，很快予以占据。三今后，明军持续东征，进至柑桔屿海面时，遭风雨所阻，被迫折回。三旬日，李壹留下3000兵力驻守澎湖，带领舰队，冒着暴风雨横渡海峡，于四月初二日拂晓航抵鹿耳门港外。由鹿耳门外海进港有两条航路：一条是南航道，口宽水深，但有敌舰戍守，陆上流求城又置重炮瞰制航道，不易通过。另一条是北航道即鹿耳门航道，门阔仅里许，水中沙石淤浅，舰船触之立碎，仅一线可容三舟并进，水路长数十里，横渡可至赤嵌楼。因为航道水浅，荷兰侵犯者事前又用破船堵塞，因此只要涨潮时才气通过，李壹决定由北航道突入。四月月朔中午，海潮大涨，李壹乘机率队进发，大小战舰顺利通过鹿耳门，进入内海，将舰船漫衍在台江当中。流求城上的荷军觉得明军船队必然会从正面打击，以是只在南航道岸上筹办了大炮。李壹恰好从鹿耳门开进台江，避开了仇敌的火力。荷兰军队对明军这类出乎料想的行动惶恐失措，来不及调剂大炮，只好仓促出动夹板船到海面阻击，明军海军冲过荷军防地，先在赤嵌楼以北的禾寮港登岸，接着在鹿耳门方向登岸胜利。流求群众见明军达到，抢先恐后前来策应，明军很快站稳脚根。
修造战船，抓紧练习。正德二年仲春，李壹在根基完成战前筹办事情后，遂从上海移师金门，请王璿及部分将领留守厦门、金门，以防荷兰人乘虚剿袭；自率七艘战舰打击流求。
李壹上前紧紧握住刘斌双手，笑道：“此天以刘兄助我也！”
荷兰侵犯军海陆两战失利后，仍诡计恪守赤嵌楼、流求城这两座伶仃的城堡。李壹调火炮，猛轰赤嵌楼。一柱香后攻占赤嵌楼台。四月初八，李壹除留一部兵力扫清其他处所的残敌外，亲身督师围攻流求城。