亲卫师一团是晁盖的侍卫团，由绿林总部精锐构成，刘唐任团长；二团为刀盾团，由芒砀山绿林人马构成，项充当团长；三团为枪盾团，由芒砀山绿林人马构成，李兖任团长；四团为标兵团，由原梁山军团前锋营扩大构成，薛永任团长；亲卫师四个团各下辖十个连一千人。
书记处由萧让卖力，专管行文记要。
第四师一旅为陌刀旅，由原彭玘所部陌刀军残剩的两千人以及梁山、绿林各部精锐构成，下辖六个营，共三千人，史进代任旅长；二旅为朴刀旅，由绿林各部精锐构成，下辖六个营，共三千人，杨林任旅长。
近卫旅一团为侍卫团，尽择各部精锐构成，由赵云代任团长；二团为龙骧马队团，由原梁山军团‘龙骧’特战营扩大构成，杨雄任团长；三团为虎贲步战团，由原梁山军团‘虎贲’特战营扩大构成，石秀任团长；四团为善扑团，由绿林各部精锐构成，焦挺任团长；五团为保镳团，由原王伦的保镳连扩大构成，小虎任团长；五个团各下辖十个连一千人。
梁山军团独立二旅为混成旅，由绿林各部精锐、归降官军以及梁山军团部分精锐构成，下辖五个团，共五千人，马麟任旅长。
独立二旅一团战车团，由原梁山军团战车营扩大构成，欧鹏任团长；二团为机弩团，由原梁山军团机弩营扩大构成，邓飞任团长；三团为辎重团，由原梁山军团辎重营扩大构成，李忠任团长；四团为火炮团，由原凌振所部火炮手以及绿林各部抽调人手构成，凌振任团长；五团为突火团，由原凌振所部火铳手以及绿林各部抽调人手构成，汤隆任团长；五个团各下辖十个连一千人。
第二师一团为玄甲重骑团，由原梁山军团具装重骑营扩大构成，邹渊任团长；二团为陷阵重骑团，由原梁山军团普装重骑营扩大构成，邹润任团长；三团为轻骑团，由原梁山军团轻骑营扩大构成，吕方任团长；四团为弓骑团，由原梁山军团弓骑营扩大构成，郭盛任团长；四个团各下辖十个连一千人。
第二师一旅为铁甲连环旅，既原呼延灼所部的铁甲连环马军，下辖六个营，共三千人，由呼延灼代任旅长；二旅为前锋旅，即原韩涛所部轻骑以及部分归降官军马队，下辖六个营，共三千人，由韩涛任旅长。
而经太重新整编的梁山兵马共有五万余众，便称作绿林梁山军团，由晁盖亲任军团长，王伦任副军团长，军团之下设立四个师以及两个独立旅。
而原梁山军团侍卫团步虎帐营长杜迁，水战营营长宋万二人不肯再去带兵，便主动交卸了职务，又找到王伦，言明只想留在王伦身边。
督造处设督造七人，除原有欧鹏（兼任）、邓飞（兼任）、孟康、侯健四人外，再增加凌振（兼任）、汤隆（兼任）、樊瑞三人，专管督造兵车、机弩、战船、袍甲、炮铳、兵器、城垣修建。
王伦也晓得杜、宋二人实在不是带兵的质料，便让他二人与郝默、阿奇一样，做了本身的贴身侍卫。
实在王伦本不想再为本身装备直属军队，但晁盖执意不肯，言明王伦现在已经身为天下绿林副总盟主，身边岂能没有亲卫，王伦推让不成只得应允。
梁山军团第二师为全员马队师，由新近上山的呼延灼任师长，下辖两个旅及四个团，由归降官军马队以及梁山、绿林原有马队构成，总计一万人。
梁山军团第三师为水战师，也暂由晁盖代任师长，下辖三个旅，抽调原梁山川军、石碣村渔户以及绿林海军构成，总兵力一万人。