两次东征日本的失利并没有让忽必烈放弃征服日本的动机，1283年，这位成吉思汗的孙子命令制作船只并且广集粮草，筹办第三次挞伐日本。但是这一次遭到了江南群众的狠恶抵挡，只好临时搁置。1285年，在安定了各地反元叛逆后，忽必烈再次命令打造战船，筹办于次年春季出兵征日。但因大臣反对，忽必烈不得以下诏罢止征日。1294年正月，忽必烈归天，征日打算也就束之高阁了。
为了制止元朝偷袭，幕府执权北条时宗令大宰府备战，加强了九州本地各地的戒备。与此同时，镰仓幕府还构造了大范围的祷告活动，以此来应对这场危急，为此还推迟或打消了很多庆典活动。
1260年，一代天骄成吉思汗之孙忽必烈在开平（今内蒙古正蓝旗东）称蒙古大汗，建年号为“中统”。1271年，取《易经》中“大哉乾元”之意改国号为元。就在忽必烈成为大元天子的三年前，他便命使者携国书赴日，要求日本师法高丽来中国“通好”，但是被镰仓幕府以“书辞在理”为由回绝，而后，忽必烈又两次遣使要求日本称臣朝贡，并以武力相威胁，一样遭镰仓幕府回绝。
20日晚，在参议第二天的军事行动时，元军将帅产生了分歧，有人对日本军人的英勇战役很有惧意，元军固然获得了此次战役的胜利，但死伤很多，兵疲矢尽，诡计退兵。有人则以为战役情势对元军比较无益，只要对峙苦战，便能霸占大宰府。最后，元帅忻都决定第二天全军班师返国。俗话说，天有不测风云，就在忻都做出班师返国的决定没多久，博多湾呈现了罕见的暴风暴雨。黑云压顶，民气不安，加上不熟谙地形，元军兵船一片混乱，不是相互碰撞而翻，就是被大浪打沉；四周乌黑一片，落海的元军没法相救，丧失惨痛。21日一早，日军得知元军撤退，博多海面已无元军船只，日本朝野对突如其来的台风赶走元军非常欣喜，在天下范围内展开了大范围拜神活动，称为“神风”。日本史乘则称之为“文永之役”。
此时，固然日军马队已在此布阵，但是并没有趁元军登岸半途停止进犯，而是于次日凌晨在元军登岸结束并清算好队形后，这才按日本当时对战的风俗，由主攻军队放“鸣镝”表示开战。当日本马队遵还是例由一名马队打击，前面大队跟进掩杀至元军阵前时，元军俄然鼓声高文，杀声震天，加上当时天下上最为先进的火炮的轰鸣，使得日军惊骇万分，两军刚一打仗，日本军队便死伤惨痛，伏尸如麻。
与此同时，被称为“御浑家”的北条氏嫡派御家人死力扩大本身的权势，这激发了被称为“外样”的普通御家人的激烈不满。北条时宗身后，“御浑家”代表平赖纲和“外样”代表安达泰盛产生抵触，成果安达泰盛一族被全歼，史称“霜月骚动”。颠末这一事件，作为镰仓幕府统治根本的御家人轨制开端崩溃，镰仓幕府的统治岌岌可危。
1281年春季，也就是在征服南宋三年以后，忽必烈策动了第二次征日。由忻都、洪茶丘和金方庆统帅4万报酬东路军，由范文虎统帅10万报酬南路军，别离由高丽和宁波两地解缆。这年6月，东路军兵船呈现在博多湾海面，但是，忻都等将领看到的是本地滩头筑有石坝的博多湾，在此处实施登岸困难很大，忻都派出小股军队，颠末一番窥伺，这才晓得志贺岛和能古岛防备亏弱，未筑石坝，因而号令兵船靠近志贺岛下锚。因为这个启事，元军在偶然间为日本军队防备博得了整整一天的时候，而本来突袭博多湾的打算也变成了正面强攻。