庚午，张让、段珪等困迫，遂将帝与陈留王数十人步出谷门，夜，至小平津，六玺不自随，公卿无得从者，唯尚书卢植、河南中部掾闵贡夜至河上。贡厉声质责让等，且曰：“今不速死，吾将杀汝！”因手剑斩数人。让等惶怖，叉手再拜，叩首向帝辞曰：“臣等死，陛下自爱！”遂投河而死。贡扶帝与陈留王夜步逐萤光南行，欲还宫，行数里，得民家露车，共乘之，至雒舍止，辛未，帝独乘一马，陈留王与贡共乘一马，从雒舍南行，公卿稍有至者。董卓至显阳苑，远见火起，知有变，引兵急进；未明，到城西，闻帝在北，因与公卿往奉迎于北芒阪下。帝见卓将兵卒至，可骇涕零。群公谓卓曰：“有诏却兵。”卓曰：“公诸报酬国大臣，不能改正王室，至使国度播荡，何却兵之有！”卓与帝语，语不成了；乃更与陈留王语，问祸乱由起，王答，自初至终，无所丢失。卓大喜，以王为贤，且为董太后所养，卓自以与太后本家，遂有废立之意。是日，帝还宫，赦天下，改光熹为昭宁。失传国玺，馀玺皆得之。以丁原为执金吾。骑都尉鲍信自泰山募兵适至，说袁绍曰：“董卓拥强兵，将有异志，今不早图，必为所制；乃其新至颓废，袭之，可禽也！”绍畏卓，不敢发。信乃引兵还泰山。
十一月，以董卓为相国，赞拜不名，入朝不趋，剑履上殿。
甲戌，卓复会群僚于崇德前殿，遂胁太后策废少帝，曰：“天子在丧，无人子之心，威仪不类人君，今废为弘农王，立陈留王协为帝。”袁隗解帝玺绶，以奉陈留王，扶弘农王下殿，北面称臣。太后鲠涕，群臣含悲，莫敢言者。卓又议：“太后踧迫永乐宫，至令忧死，逆妇姑之礼。”乃迁太后于永安宫。赦天下，改昭宁为永汉。丙子，卓毒杀何太后，公卿以下不布服，会葬，素衣罢了。卓又发何苗棺，出其尸，分割节断，弃于道边，杀苗母舞阳君，弃尸于苑枳落中。
诏除公卿以下后辈为郎，以补寺人之职，侍于殿上。
冬，十月，乙巳，葬灵思皇后。
玄月，癸酉，卓大会百寮，奋首而言曰：“天子暗弱，不成以奉宗庙，为天下主。今欲依伊尹、霍光故事，更立陈留王，何如？”公卿以下皆惶恐，莫敢对。卓又抗言曰：“昔霍光定策，延年按剑。有敢沮大议，皆以军法处置！”坐者震惊，尚书卢植独曰：“昔太甲既立不明，昌邑罪恶千馀，故有废立之事。今上富于春秋，行无失德，非前事之比也。”卓大怒，罢坐。将杀植，蔡邕为之请，议郎彭伯亦谏卓曰：“卢尚书海内大儒，人之望也。今先害之，天下慑伏。”卓乃止，但免植官，植遂逃隐于上谷。卓以废立议示太傅袁隗，隗报如议。
孝献天子甲
甲午，以豫州牧黄琬为司徒。
诏除光熹、昭宁、永汉三号。
辛亥，赦天下。
初，蔡邕徙朔方，会赦得还。五原太守王智，甫之弟也，奏蔡邕谤讪朝廷；邕遂逃亡江海，积十二年，董卓闻其名而辟之，称疾不就。卓怒，詈曰：“我能族人！”邕惧而报命，到，署祭酒，甚见恭敬，举高第，三日之间，周历三台，迁为侍中。
初，尚书武威周毖、城门校尉汝南伍琼，说董卓矫桓、灵之政，擢用天下名流以收众望，卓从之，命毖、琼与尚书郑泰、长史何飆等沙汰秽恶，显拔幽滞。因而征处士荀爽、陈纪、韩融、申屠蟠。复就拜爽平原相，行至宛陵，迁光禄勋，视事三日，进拜司空。自被征命及登台司，凡九十三日。又以纪为五官中郎将，融为大鸿胪。纪，寔之子；融，韶之子也。爽等皆畏卓之暴，无敢不至。独申屠蟠得征书，人劝之行，蟠笑而不答，卓终不能屈，年七十馀，以寿终。卓又以尚书韩馥为冀州牧，侍中刘岱为兖州刺史，陈留孔伷为豫州刺史，东平张邈为陈留太守，颍川张咨为南阳太守。卓所敬爱，并不处显职，但将校罢了。