是岁，代王贺傉始亲国政，以诸部多未服，乃筑城于东木根山，徙居之。
赠故谯王承、甘卓、戴渊、周顗、虞望、郭璞、王澄等官。周札故吏为札讼冤，尚书卞壸议，觉得：“札守石头，开门延寇，不当赠谥。”司徒导觉得：“往年之事，敦奸逆未彰，自臣等有识以上，皆所未悟，与札无异；既悟其奸，札便以身许国，寻取枭夷。臣谓宜与周、戴同例。”郗鉴觉得：“周、戴死节，周札延寇，事异赏均，何故劝沮！如司徒议，谓往年有识以上皆与札无异，则谯王、周、戴皆应受责，何赠谥之有！今三臣既褒，则札宜受贬明矣。”导曰：“札与谯王、周、戴，虽所见有异同，皆人臣之节也。”鉴曰：“敦之逆谋，履霜日久，缘札开门，令王师不振。若敦前者之举，义同桓、文，则先帝可为幽、厉邪！”然卒用导议，赠札卫尉。
王敦疾甚，矫诏拜王应为武卫将军以自副，以王含为骠骑大将军、开府仪同三司。钱凤谓敦曰：“脱有不讳，便当今后事付应邪？”敦曰：“非常之事，非常人所能为。且应幼年，岂堪大事！我死以后，莫若释兵散众，归身朝廷，保全流派，上计也；退还武昌，出兵自守，进献不废，入彀也；及吾尚存，悉众而下，万一幸运，下计也。”凤谓其党曰：“公之下计，乃上策也。”遂与沈充定谋，俟敦死即反叛。又以宿卫尚多，奏令三番休二。
司徒导遗含书曰：“近承大将军困笃，或云已有不讳。寻知钱凤大严，欲肆奸逆；谓兄当按捺不逞，还蕃武昌，今乃与犬羊俱下。兄之此举，谓可得如大将军昔年之事乎？昔年佞臣乱朝，人怀不宁，如导之徒，心机外济。今则不然。大将军来屯于湖，渐失民气，君子危怖，百姓劳弊。临终之日，委重安期；安期断乳几日？又于时望，便可袭宰相之迹邪？自斥地以来，很有宰相以孺子为之者乎？诸有耳者，皆知将为禅代，非人臣之事也。先帝复兴，遗爱在民；圣主聪明，德洽朝野。兄乃欲妄萌逆节，凡在人臣，谁不愤叹！导流派小大受国厚恩，本日之事，明目张胆，为六军之首，宁为忠臣而死，不为恶棍而生矣！”含不答。
沈充帅众万馀人与王含军合，司马顾飏说充曰：“今举大事，而天子已扼其咽喉，锋摧气沮，相持日久，必致祸败。今若决破栅塘，因湖水以灌京邑，乘水势，纵舟师以攻之，此上策也；藉初至之锐，并东、西军之力，十道俱进，众寡过倍，理必摧陷，中策也；转祸为福，召钱凤计事，因斩之以降，下策也。”充皆不能用，飏逃归于吴。
晋纪十五（起阏逢涒滩，尽强圉大渊献，凡四年）
有司发王敦瘗，出尸，焚其衣冠，跽而斩之。与沈充首同悬于南桁。郗鉴言于帝曰：“前朝诛杨骏等，皆先极官刑，后听私殡。臣觉得王诛加于上，私义行于下，宜听敦家收葬，于义为弘。”帝许之。司徒导等皆以讨敦功受封赏。