帝使吴兴沈桢说沈充，许觉得司空。充曰：“三司具瞻之重，岂吾所任！币厚言甘，前人所畏也。且丈夫同事，终始当同，岂可中道改易，人谁容我乎！”遂举兵趣建康。宗正卿虞潭以疾归会稽，闻之，起兵馀姚以讨充，帝以潭体味稽内史。前安东将军刘超、宣城内史钟雅皆起兵以讨充。义兴人周蹇杀王敦所署太守刘芳，平西将军祖约逐敦所署淮南太守任台。
成主雄，前任氏无子，有妾子十馀人，雄立其兄荡之子班为太子，使任后母之。群臣请立诸子，雄曰：“吾兄，先帝之嫡统，有奇材大功，事垂克而早世，朕常悼之。且班仁孝好学，必能负荷先烈。”太傅骧、司徒王达谏曰：“先王立嗣必子者，以是明定分而防篡夺也。宋宣公、吴馀祭，足以观矣。”雄不听。骧退而流涕曰：“乱自此始矣！”班为人谦恭下士，动遵礼法，雄每有大议，辄令豫之。
帝帅诸军出屯南皇堂。癸酉夜，募懦夫，遣将军段秀、中军司马曹浑等帅甲卒千人渡水，掩其未备。黎明，战于越城，大破之，斩其前锋将何康。秀，匹磾之弟也。
敦见诏，甚怒，而病转笃，不能自将；将举兵伐京师，使记室郭璞筮之，璞曰：“无成。”敦素疑璞助温峤、庾亮，及闻卦凶，乃问璞曰：“卿更筮吾寿多少？”璞曰：“思向卦，明公起事，必祸不久。若住武昌，寿不成测。”敦大怒曰：“卿寿多少？”曰：“命尽本日日中。”敦乃收璞，斩之。
有诏：“王敦法纪除名，参佐监禁”温峤上疏曰：“王敦刚愎不仁，忍行殛毙，朝廷所不能制，骨肉所不能谏；处其朝者，恒惧危亡，故交士结舌，门路以目，诚贤人君子道穷数尽，遵养时晦之辰也。原其私心，岂遑晏处！如陆玩、刘胤、郭璞之徒常与臣言，备知之矣。必其赞导凶悖，自当正以典刑；如其枉陷奸党，谓宜施之宽贷。臣以玩等之诚，闻于圣听，当受同贼之责；苟默而不言，实负其心，惟陛下仁圣裁之！”郗鉴觉得先王立君臣之教，贵于伏节死义。王敦佐吏，虽多逼迫，然进不能止其逆谋，退不能脱身远遁，准之前训，宜加义责。帝卒从峤议。
太宁三年乙酉、公元三二五年春，仲春，张骏承元帝凶问，大临三日。会黄龙见嘉泉，汜祎等请改年以章休祥，骏不准。辛晏以枹罕降，骏复收河南之地。
丙申，王含等烧营夜遁。丁酉，帝还宫，大赦，惟敦党不原。命庾亮督苏峻等追沈充于吴兴，温峤督刘遐等追王含、钱凤于江宁，分命诸将追其党与。刘遐甲士颇纵虏掠，峤责之曰：“天道助顺，故王含剿绝，岂可因乱为乱也！”遐惶恐拜谢。
有司发王敦瘗，出尸，焚其衣冠，跽而斩之。与沈充首同悬于南桁。郗鉴言于帝曰：“前朝诛杨骏等，皆先极官刑，后听私殡。臣觉得王诛加于上，私义行于下，宜听敦家收葬，于义为弘。”帝许之。司徒导等皆以讨敦功受封赏。
夏，蒲月，甲申，张茂疾病，执世子骏手泣曰：“吾家世以孝友忠顺著称，今虽天下大乱，汝阿谀之，不成失也。”且命令曰：“吾官非王命，苟以集事，岂敢荣之！死之日，当以白帢入棺，勿以朝服敛。”是日，薨。愍帝使者史淑在姑臧，左长史汜祎、右长史马谟等使淑拜骏大将军、凉州牧、西平公，赦其境内。前赵主曜遣使赠茂太宰，谥曰成烈王。拜骏上大将军、凉州牧、凉王。
敦闻含败，大怒曰：“我兄，老婢耳！流派衰。世事去矣！”顾谓参军吕宝曰：“我当力行。”。因作势而起，困乏，复卧，乃谓其舅少府羊鉴及王应曰：“我死，应便即位，先立朝廷百官，然后营葬事。”敦寻卒，应秘不发丧，裹尸以席，蜡涂其外，埋于厅事中，与诸葛瑶等日夜纵酒淫乐。