元兴元年壬寅，公元四零二年春，正月，庚午朔，下诏罪行桓玄，以尚书令元显为骠骑大将军、征讨多数督、都督十八州诸军事，加黄钺，又以镇北将军刘牢之为前锋都督，前将军谯王尚之为后部，因大赦，改元，表里戒严；加会稽霸道子太傅。
丁卯，玄至姑孰，使共将冯该等攻历阳，襄城太守司马休之婴城恪守。玄军断洞浦，焚豫州舟舰。豫州刺史谯王尚之帅步兵九千阵于浦上，遣武都太守杨秋屯横江，秋降于玄军。尚之众溃，逃于涂中，玄捕获之。司马休之出战而败，弃城走。
牢之军溧洲，参军刘裕请击玄，牢之不准。玄使牢之族舅何穆说牢之曰：“自古戴震主之威，挟不赏之功而能自全者，谁邪？越之文种，秦之白起，汉之韩信，皆事明主，为之极力，功成之日，犹不免诛夷，况为凶愚者之用乎！君如本日克服则倾宗，败北则覆族，欲以此安归乎！不若幡然改图，则能够长保繁华矣。前人射钩、斩祛，犹不害为帮手，况玄与君无宿昔之怨乎！”时谯王尚之已败，情面愈恐，牢之颇纳穆言，与玄交通。东海中尉东海何无忌，牢之之甥也，与刘裕极谏，不听。其子骠骑处置中郎敬宣谏曰：“今国度衰危，天下之重在大人与玄。玄藉父、叔之资，占有全楚，割晋国三分之二，一朝纵之使陵朝廷，玄声望既成，恐难图也，董卓之变，将在今矣。”牢之怒曰：“吾岂不知！本日取玄如反覆手耳；但平玄以后，令我奈骠骑何！”三月，乙巳朔，牢之遣敬宣诣玄请降。玄阴欲诛牢之，乃与敬宣宴饮，陈名书画共观之，以安悦其意；敬宣不之觉，玄佐吏莫不相视而笔。玄板敬宣为咨议参军。
张法顺谓元显曰：“桓玄承籍世资，素有豪气，既并殷、扬，专有荆楚，第下之所控引止三吴耳。孙恩为乱，东土涂地，公私困竭，玄必乘此纵其奸凶，窃用忧之。”元显曰：“为之何如？”法顺曰：“玄始得荆州，情面未附。方务绥抚，未暇他图。若乘此际使刘牢之为前锋，而第下以雄师继进，玄可取也。”元显觉得然。会武昌太守庾楷以玄与朝廷成仇，恐事不成，祸及于己，密令人自结于元显，云：“玄大失情面，众不为用，若朝廷遣军，己当为内应。”元显大喜，遣张法顺至京口，谋于刘牢之；牢之以难堪。法顺还，谓元显曰：“观牢之言色，必贰于我，不如召入杀之；不尔，败人大事。”元显不从。因而大治水军，征兵装舰，以谋讨玄。
玄自谓有晋国三分之二，数令人上己符瑞，欲以惑众；又致笺于会稽霸道子曰：“贼造近郊，以风不得进，以雨不致火，食尽故去耳，非力屈也。昔国宝身后，王恭不乘此威入统朝政，足见其心非侮于明公也，而谓之不忠。今之贵要腹心，偶然流清望者谁乎？岂可云无佳胜！直是不能信之耳！尔来一朝一夕，遂成本日之祸。在朝君子皆畏祸不言，玄忝任在远，是以披写究竟。”元显见之，大惧。
乙卯，魏虎威将军宿沓干伐燕，攻令支；乙丑，燕中领军宇文拔救之。壬午，宿沓干拔令支而戍之。
戊子，魏材官将国和突攻黜弗、素古延等诸部，破之。初，魏主珪遣北部大人贺狄干献马千匹求昏于秦，秦王兴闻珪已立慕容后，止狄干而绝其昏；没弈干、黜弗、素古延，皆秦之属国也，而魏攻之，由是秦、魏有隙。庚寅，珪大阅士马，命并州诸郡积谷于平阳之乾壁，以备秦。
元显欲尽诛诸桓。中护军桓修，骠骑长史王诞之甥也，诞有宠于元显，因陈修等与玄志趣分歧，元显乃止。诞，导之曾孙也。