玄自谓有晋国三分之二，数令人上己符瑞，欲以惑众；又致笺于会稽霸道子曰：“贼造近郊，以风不得进，以雨不致火，食尽故去耳，非力屈也。昔国宝身后，王恭不乘此威入统朝政，足见其心非侮于明公也，而谓之不忠。今之贵要腹心，偶然流清望者谁乎？岂可云无佳胜！直是不能信之耳！尔来一朝一夕，遂成本日之祸。在朝君子皆畏祸不言，玄忝任在远，是以披写究竟。”元显见之，大惧。
张法顺言于元显曰：“桓谦兄弟每为上流耳目，宜斩之以杜奸谋。且事之济不，系在前军，而牢之反覆，万一有变，则祸败立至。可令牢之杀谦兄弟以示无二心，若不受命，当逆为其所。”元显曰：“今非牢之，无以知玄；且始事而诛大将，情面不安。”再三不成。又以桓氏世为荆土所附，桓冲特有遗惠，而谦，冲之子也，乃自骠骑司马除都督荆、益、宁、梁四州诸军事、荆州刺史，欲以结西人之心。
元兴元年壬寅，公元四零二年春，正月，庚午朔，下诏罪行桓玄，以尚书令元显为骠骑大将军、征讨多数督、都督十八州诸军事，加黄钺，又以镇北将军刘牢之为前锋都督，前将军谯王尚之为后部，因大赦，改元，表里戒严；加会稽霸道子太傅。
牢之军溧洲，参军刘裕请击玄，牢之不准。玄使牢之族舅何穆说牢之曰：“自古戴震主之威，挟不赏之功而能自全者，谁邪？越之文种，秦之白起，汉之韩信，皆事明主，为之极力，功成之日，犹不免诛夷，况为凶愚者之用乎！君如本日克服则倾宗，败北则覆族，欲以此安归乎！不若幡然改图，则能够长保繁华矣。前人射钩、斩祛，犹不害为帮手，况玄与君无宿昔之怨乎！”时谯王尚之已败，情面愈恐，牢之颇纳穆言，与玄交通。东海中尉东海何无忌，牢之之甥也，与刘裕极谏，不听。其子骠骑处置中郎敬宣谏曰：“今国度衰危，天下之重在大人与玄。玄藉父、叔之资，占有全楚，割晋国三分之二，一朝纵之使陵朝廷，玄声望既成，恐难图也，董卓之变，将在今矣。”牢之怒曰：“吾岂不知！本日取玄如反覆手耳；但平玄以后，令我奈骠骑何！”三月，乙巳朔，牢之遣敬宣诣玄请降。玄阴欲诛牢之，乃与敬宣宴饮，陈名书画共观之，以安悦其意；敬宣不之觉，玄佐吏莫不相视而笔。玄板敬宣为咨议参军。
丁丑，燕慕容拔攻魏令支戍，克之，宿沓干走，执魏辽西太守那颉。燕以拔为幽州刺史，镇令支，以中坚将军辽西阳豪为本郡太守。丁亥，以章武公渊为尚书令，博陵公虔为尚书左仆射，尚书王腾为右仆射。
傉檀知吕超必来斫营，畜火以待之。超夜遣中壘将军王集帅精兵二千斫傉檀营，傉檀徐严不起。集入垒中，表里皆举火，光照如昼；纵兵击之，斩集及甲首三百馀级。吕隆惧，伪与檀通好，请于苑内缔盟，傉檀遣俱延入盟，俱延疑其有伏，毁苑墙而入。超伏兵击之，俱延失马步走，凌江将军郭祖力战拒之，俱延乃得免。傉檀怒，攻其昌松太守孟礻韦于显美。隆遣广武将军荀安国、宁远将军石可帅骑五百救之。安国等惮傉檀之强，遁还。