桓玄至寻阳，郭昶之给其器用、兵力。辛未，玄逼帝西上，刘毅帅何无忌、刘道规等诸军追之。玄留龙骧将军何澹之、前将军郭铨与郭昶之守湓口。玄于道自作《起居注》，叙讨刘裕事，自谓经略举无遗策，诸军违节度，乃至奔败。专沉思著作，不暇与群下议时势。《起居注》既成，宣示远近。
初，袁真杀朱宪，宪弟绰逃奔桓温。温克寿阳，绰辄发真棺，戮其尸。温怒，将杀之，桓冲请而免之。绰事冲如父，冲薨，绰呕血而卒。刘裕克京口，以绰子龄石为建武参军。三月，戊午朔，裕军与吴甫之遇于江乘。将战，龄石言于裕曰：“龄石世受桓氏厚恩，不欲以兵刃相向，乞在军后。”裕义而许之。甫之，玄骁将也，其兵甚锐。裕手执长刀，大喊以冲之，众皆披靡，即斩甫之，进至罗落桥。皇甫敷帅数千人逆战，宁远将军檀赁之败死。裕进战弥厉，敷围之数重，裕倚大树挺战。敷曰：“汝欲作何死！”拔戟将刺之，裕横眉叱之，敷辟易。裕党俄至，射敷中额而踣，裕援刀直进。敷曰：“君有天命，以子孙为托。”裕斩之，厚抚其孤。裕以檀凭之所领兵配参军檀祗。祗，凭之之从子也。
萧方等曰：夫蛟龙暗藏，鱼虾亵之。是以汉高赦雍齿，魏武免梁鹄，安能够布衣之嫌而成万乘之隙也！今王谧为公，刁逵亡族，醻恩抱怨，何其狭哉！
初，裕名微位薄，轻狡无行，盛流皆不与相知，惟王谧独奇贵之，谓裕曰：“卿当为一代豪杰。”裕尝与刁逵樗蒲，不时输直，逵缚之马枊。谧见之，责逵而释之，代之还直。由是裕深憾逵而德谧。
玄移还上宫，召侍官皆入止省中；加扬州刺史新安王桓谦征讨都督，以殷仲文代桓修为徐、兖二州刺史。谦等请亟遣兵击裕，玄曰：“彼兵锐甚，计出万死，如有蹉跌，则彼气成而吾事去矣；不如屯大众于覆舟山以待之。彼空行二百里，无所得，锐气已挫，忽见雄师，必惊诧；我按兵坚阵，勿与比武，彼求战不得，天然散走，此策之上也。”谦等固请击之，乃遣顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷接踵北上。玄恐忧特甚。或谓：“裕等乌合微小，必将无成，陛下何虑之深！”玄曰：“刘裕足为一世之雄，刘毅家无担石之储，樗蒲一掷百万，何无忌酷似其舅；共举大事，何谓无成！”
桓玄兄子歆引氐帅杨秋寇历阳，魏咏之帅诸葛长民、刘敬宣、刘钟共击破之，斩杨秋于练固。
庚寅，桓玄挟帝至江陵，桓石康纳之。玄更署置百官，以卞范之为尚书仆射。自以奔败以后，恐威令不可，乃更增峻科罚，众益离怨。殷仲文谏，玄怒曰：“今以诸将失律，天文倒霉，故还都旧楚；而群小纷繁，妄兴贰言！方当纠之以猛，未可施之以宽也。”荆、江诸郡闻玄播越，有上表奔问起居者，玄皆不受，更令地点贺迁新都。
丁卯，刘裕迁镇东府。
裕入建康，王仲德抱元德子方回出候裕，裕于顿时抱方回与仲德对哭。追赠元德给事中，以仲德为中军参军。裕止桓谦故营，遣刘钟据东府。庚申，裕屯石头城，立留台百官，焚桓温神主于宣阳门外，造晋新主，纳于太庙。遣诸将追玄，尚书王嘏帅百官奉迎乘舆，诛玄宗族在建康者。裕使臧熹入宫，收图书、器物，封闭府库；有金饰乐器，裕问熹：“卿得无欲此乎？”熹正色曰：“皇上幽逼，播越非所，将军首建大义，劬劳王家，虽复不肖，实无情于乐。”裕笑曰：“聊以戏卿耳。”熹，焘之弟也。