桓玄至寻阳，郭昶之给其器用、兵力。辛未，玄逼帝西上，刘毅帅何无忌、刘道规等诸军追之。玄留龙骧将军何澹之、前将军郭铨与郭昶之守湓口。玄于道自作《起居注》，叙讨刘裕事，自谓经略举无遗策，诸军违节度，乃至奔败。专沉思著作，不暇与群下议时势。《起居注》既成，宣示远近。
南燕主备德闻桓玄败，命北地王钟等将兵欲取江南，会备德有疾而止。
玄移还上宫，召侍官皆入止省中；加扬州刺史新安王桓谦征讨都督，以殷仲文代桓修为徐、兖二州刺史。谦等请亟遣兵击裕，玄曰：“彼兵锐甚，计出万死，如有蹉跌，则彼气成而吾事去矣；不如屯大众于覆舟山以待之。彼空行二百里，无所得，锐气已挫，忽见雄师，必惊诧；我按兵坚阵，勿与比武，彼求战不得，天然散走，此策之上也。”谦等固请击之，乃遣顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷接踵北上。玄恐忧特甚。或谓：“裕等乌合微小，必将无成，陛下何虑之深！”玄曰：“刘裕足为一世之雄，刘毅家无担石之储，樗蒲一掷百万，何无忌酷似其舅；共举大事，何谓无成！”
己未，裕军食毕，悉弃其馀粮，进至覆舟山东，使孱羸登山，张旗号为疑兵，数道并前，充满山谷。玄侦候者还，云“裕军四塞，不知多少。”玄益忧恐，遣武卫将军庾赜之帅精卒副援诸军。谦等士卒多北府人，素畏伏裕，莫有斗志。裕与刘毅平分为数队，进突谦陈；裕以身先之，将士皆决死战，无不一当百，呼声动六合。时东北风急，因放火焚之，烟炎慻天，鼓噪之音震惊京邑，谦等诸军大溃。
丁卯，刘裕迁镇东府。
壬戌，玄司徒王谧与众议推裕领扬州，裕固辞，乃以谧为侍中、领司徒、扬州刺史、录尚书事，谧推裕为使持节、都督扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并八州诸军事、徐州刺史，刘毅为青州刺史，何无忌为琅邪内史，孟昶为丹阳尹，刘道规为义昌太守。
初，裕名微位薄，轻狡无行，盛流皆不与相知，惟王谧独奇贵之，谓裕曰：“卿当为一代豪杰。”裕尝与刁逵樗蒲，不时输直，逵缚之马枊。谧见之，责逵而释之，代之还直。由是裕深憾逵而德谧。
裕始至建康，诸大处罚皆委于刘穆之，匆促立定，无不允惬。裕遂托以腹心，动止咨焉；穆之亦竭节尽诚，无所遣隐。时晋政宽驰，法纪不立，豪族陵纵，小民穷蹙，重以司马元显政令违舛。桓玄虽欲厘整，而科条繁密，众莫之从。穆之考虑时宜，随方改正；裕以身范物，先以威禁；表里百官皆寂然奉职，不盈旬日，民风顿改。
萧方等曰：夫蛟龙暗藏，鱼虾亵之。是以汉高赦雍齿，魏武免梁鹄，安能够布衣之嫌而成万乘之隙也！今王谧为公，刁逵亡族，醻恩抱怨，何其狭哉！
玄闻二将死，大惧，召诸道术人推算及为厌胜。问群臣曰：“朕其败乎？”吏部郎曹靖之对曰：“民怨神怒，臣实惧焉。”玄曰：“民或可怨，神何为怒？”对曰：“晋氏宗庙，流散江滨，大楚之祭，上不及祖，此其以是怒也。”玄曰：“卿何不谏？”对曰：“辇上君子皆觉得尧、舜之世，臣何敢言！”玄沉默。使桓谦及游击将军何澹之屯东陵，侍中、后将军卞范之屯覆舟山西，众合二万。
桓玄兄子歆引氐帅杨秋寇历阳，魏咏之帅诸葛长民、刘敬宣、刘钟共击破之，斩杨秋于练固。
初，王谧为玄佐命元臣，玄之受禅，谧手解帝玺绶；乃玄败，众谓谧宜诛，刘裕特保全之。刘毅尝因朝会，问谧玺绶地点。谧内不自安，逃奔曲阿。裕笺白武陵王，迎还复位。