诏楚王玄行天子礼乐，妃为王后，世子为太子。丁丑，卞范之为禅诏，使临川王宝逼帝书之。宝，晞之曾孙也。庚辰，帝临轩，遣兼太保、领司徒王谧奉玺绶，禅位于楚。壬午，帝出居永安宫。癸未，迁太庆神主于琅邪国，穆章何皇后及琅邪王德文皆徙居司徒府。百官诣姑孰劝进。十仲春，庚寅朔，玄筑坛于九井山北，壬辰，即天子位。册文多非溥晋室，或谏之，玄曰：“揖让之文，正可陈之于下民耳，岂可欺上帝乎！”大赦，改元永始。以南康之平固县封帝为平固王，降何后为零陵县君，琅邪王德文为石阳县公，武陵王遵为彭泽县候。追尊文温为宣武天子，庙号太祖，南康公主为宣皇后，封子昻为豫章王。以会稽内史王愉为尚书仆射，愉子相国左长史绥为中书令。绥，桓氏之甥也。戊戌，玄入建康宫，登御坐，而床忽陷，群下失容。殷仲文曰：“将由圣德深厚，地不能载。”玄大悦。梁王珍之男臣孔朴奉珍之奔寿阳。珍之，晞之曾孙也。
玄月，魏主珪如南平城，规度南，将建新都。
桓谦私问彭城内史刘裕曰：“楚王勋德昌大，朝廷之情，咸谓宜有揖让，卿觉得何如？”裕曰：“楚王，宣武之子，勋德盖世。晋室微小，民望久移，乘运禅代，有何不成？”谦喜曰：“卿谓之可便可耳。”
戊申，燕王熙尊燕主垂之贵嫔段氏为皇太后。段氏，熙之慈母也。己酉，立苻贵嫔为皇后，大赦。
众推刘裕为盟，总督徐州事，以孟昶为长史，守京口，檀凭之为司马。彭城人应募者，裕悉使郡主簿刘钟统之。丁巳，裕帅二州之众千七百人，军于竹里，移檄远近，声言益州刺史毛璩已定荆楚，江州刺史郭昶之奉迎主上返正于寻阳，镇北参军王元德等并帅部曲保据石头，扬武将军诸葛长尼已据历阳。
刘裕从徐、兖二州刺史，安成王桓修入朝。玄谓王谧曰：“裕风骨不常，盖人杰也。”每游集，必引接殷勤，赠赐甚厚。玄后刘氏，有智鉴，谓玄曰：“刘裕龙行虎步，视瞻不凡，恐终不为人下，不如早除之。”玄曰：“我方平荡中原，非裕莫可用者；俟关、河安定，然后别议之耳。”
南燕主备德故吏赵融自长安来，始得母兄凶问，备德号恸吐血，因此寝疾。
平原太守和跋奢豪喜名，珪恶而杀之，使其弟毗等就与诀。跋曰：“北土瘠，可迁水南，勉为主计。”且使之背己，曰：“汝何忍视吾之死也！”毗等谕其意，诈称使者，逃入秦。珪怒，灭其家。中垒将军邓渊从弟尚书晖与跋善，或谮诸珪曰：“毗之出亡，晖实送之。”珪疑渊知其谋，赐渊死。
燕以卫尉悦真为青州刺史，镇新城；光大夫卫驹为并州刺史，镇凡城。
元兴三年甲辰，公元四零四年春，正月，桓玄立其妻刘氏为皇后。刘氏，乔之曾孙也。玄以其祖彝以上名位不显，不复追尊立庙。散骑常侍徐广曰：“敬其父则子悦，请依故事立七庙。”玄曰：“礼，太祖东向，左昭右穆。晋立七庙，宣帝不得正东向之位，何足法也！”秘书监卞承之谓广曰：“若宗庙之祭果不及祖，有以知楚德之不长矣。”广，邈之弟也。
乙卯，魏主珪立其子嗣为齐王，加位相国；绍为清河王，加征南大将军；熙为阳平王；曜为河南王。
泰山贼王始聚众数万，自称承平天子，署置公卿；南燕桂林王镇讨禽之。临刑，或问其父及兄弟安在，始曰：“太上皇蒙尘于外，征东、征西为乱兵所害。”其妻怒之曰：“君正坐此口，何如尚尔！”始曰：“皇后不知，自古岂有不亡之国！朕则崩矣，终不改号！”