而十万建虏踞神京，摆荡山东、河南诸地，随时有放马南下之意。亦是本朝一大患。
崇祯八年（1635），民变军进入安徽。阮大铖避居南京，当时复社中名流顾杲、侯方域、黄宗羲等仇恨其为人，作《留都防乱公揭》驱之，连保养了几十年的大胡子都被复社后辈追着拔掉了很多，被弄得非常狼狈。
比拟内阁里的那些只会拖后腿的“忠臣贤士大夫”，小人的揣摩君意和审时度势才是现在的他最需求的，作为天子，如果连用人都要遭到钳制，和傀儡另有多少辨别？还谈甚么抗鞑保命？不掌权，勿宁死！
崇祯二年(1629)，魏党事败，他上书指出东林与阉党都“党附寺人”，应当一起罢去，崇祯不听，成果他名列逆案被罢官，避居安庆、南京，招纳游侠，谈兵说剑，结成文社。
要申明时的很多读书人，一受宋以来理学之害，二受八股科举之害，常常读书平生，毫无实学，问兵、农不知，问钱、谷不知，问经邦济民之策，瞠目不知所答，只要极少数人能突破科举制艺藩篱，浏览一些杂学（明朝读《四书》、《五经》和学做八股文为读书人晋身的拍门砖，把别的册本和学问都当作杂学），阮大铖是否有真才实学，他一试便知。
不过周延儒也不是完整没有节操，固然碍于东林的禁止，不能启用阮大铖，但他同意阮大铖保举一名死党入朝，阮大铖因而保举马士英代替本身，马士英由此登上高位，代替了被张献忠打得很惨的高斗光被起用为凤阳总督。