裁撤湘军碰到的最大困难，是耐久欠饷不能妥为处理。在裁军前后的曾氏家书中，他与家人经常谈到此事。同治四年闰蒲月十四日，他在给两个儿子的信中说："又闻刘松山一军在龙潭闹饷，不肯渡江，不知近状何如，深为系念。"同年闰蒲月十九日，在给宗子的信中说："身材安然，惟廑念湘勇闹饷，有弗戢自焚之惧，竟日忧灼。蒋之纯一军在湖北业已叛变，恐各处相煽，即湘乡亦难安居。思以是痛惩之法，尚无良策。"同年闰蒲月二十四日给澄、沅二弟的信中说："徽、休、青阳全军闹饷，情同背叛，不知克日安戢否，实深忧系。"湘军自咸丰三年组建以来，十余年间，户部几近没有直接拨过饷银，除个别省分协济小部分外，其他都由湖南一省承担。湖南夙来商贾不发财，充全省岁入不及苏松间一大县，如何能承担十多万庞大的军队，对付十多年旷日耐久的战役？因而湘军的军饷便常常不能及时如数发放，拖欠三五个月，支发三五成是常事。为了安宁军心，鼓励士气，卑劣的统领则公开煽脱部下去打劫百姓的钱物，去洗劫打下来的仓廪库房。稍有脑筋的统领虽不煽动，但敌部下的这些暴行也不加制止。这也是湘军日趋败北的一个首要启事。即便是吉字营，虽说从上到下，都获得了多少不等的不义之财，但名义上他们的欠饷也达四个月之久，总数近一百万两。至于别的虎帐，也有四五个月的，也有六七个月的，都比吉字营严峻。幕僚们都问：这个困难若那边理？曾国藩请他们献计献策，帮忙处理这个困难。同时又表示，不管这个困难可否处理，裁军都要果断不移地停止。
几天后，城内城外的吉字营五万陆军和从大胜关到草鞋峡的长江水面上的二万海军，不管将官和勇丁，几近大家都在议论裁军的事。从表情上来讲，有很多人情愿早日脱下戎装，回籍与家人团聚。这些人中，有的是年事大了，厌倦军旅生涯；有的是打金陵时发了大财，急于回家去做财东地主；也有的参军十多年，经事多了，经历广了，对比年无休无止的战役的思虑也逐步深化起来，特别是金龙殿前那场亘古未闻的自焚悲剧，更激烈地刺激了他们：都是骨肉同胞，为何要如许你死我活地相互残杀？他们不成能得出甚么明白的答案、公道的解释，只要分开了事，如此，心灵方可均衡一些。
"全数都撤。"
"不然他们不缴戎服东西。"
拜折后的第二天，曾国藩将督署内参与军机赞画的幕僚们调集起来，向他们宣布当即大范围裁撤湘军的决定。幕僚们齐声附和，都说这是一个极其严峻的明智之举。有的说，江宁城虎帐里的官勇越闹越不象话了，不斥逐，迟早会要出大乱子的。有的还拿当年川楚白莲教停歇以后，团练接踵闭幕的前事作例子，申明大乱安定后非经制之师只要主动消弭，才气使朝野喧闹、相安无事的事理。另有的说，当年平地楚白莲教的团练，是分离把握在各省督抚手中，没有一支多达万人的雄师队，而现在湘军主力有十多万，均听曾中堂一人调派，因此裁撤一事更显得火急，而由此也更证明曾中堂示至公于天下的热诚之心，将永久遭到后代的钦慕，为乱臣贼子所惧。幕僚们的奖饰，使曾国藩欣喜，也使他的信心更加果断了。不过，幕僚们也都谈到无银子付清欠饷，将是裁军所面对的第一大困难。