莎车王贤、鄯善王安皆遣使奉献。西域苦匈奴重敛，皆愿属汉，复置都护；上以中国新定，不准。
诏：“边吏力不敷战则守，追虏料敌，不拘以逗留法。”
建武十五年己亥，公元三九年春，正月，辛丑，大司徒韩歆免。歆好直言，无忌讳，帝每不能容。歆于上前证岁将饥凶，指天画地，言甚刚切，故坐免归田里。帝犹不释，复遣使宣诏责之；歆及子婴皆他杀。歆素有重名，死非其罪，浩繁不厌；帝乃追赐钱谷，以成礼葬之。
卢芳与匈奴、乌桓连兵，数寇边。帝遣骠骑大将军杜茂等将兵镇守北边，治飞狐道，筑亭障，修烽燧，凡与匈奴、乌桓大小数十百战，终不能克。
卢芳攻云中，久不下。其将随昱留守九原，欲胁芳来降；芳知之，与十馀骑亡入匈奴，其众尽归随昱，昱乃诣阙降。诏拜昱五原太守，封镌胡侯。
是岁，参狼羌与诸种寇武都，陇西太守马援击破之，降者万馀人，因而陇右平静。援务开恩信，宽以待下，任吏以职，但总大抵，而来宾故交日满其门。诸曹时白外事，援辄曰：“此丞、掾之任，何足相烦！颇哀老子，使得遨游。若大姓侵小民，黠吏不从令，此乃太守事耳。”傍县尝有报雠者，吏民惊言羌反，百姓奔入城，狄道长诣门，请闭城出兵。援时与来宾饮，大笑曰：“虏何敢复犯我！晓狄道长，归守寺舍。良怖急者，可床下伏。”后稍定，郡中服之。
朱祜奏：“古者人臣受封，不加王爵。”丙辰，诏长沙王兴、真定王得、河间王邵、中山王茂皆降爵为侯。丁巳，以赵王良为赵公，太原王章为齐公，鲁王兴为鲁公。是时，宗室及绝国封侯者凡一百三十七人。富平侯张纯，安世之四世孙也，历王莽世，以孰谨守约保全前封；建武初，先来诣阙，为侯仍旧。因而有司奏：“列侯非宗室不宜复国。”上曰：“张纯宿卫十有馀年，其勿废！”更封武始侯，食富平之半。
公孙述困急，谓延岑曰：“事当何如！”岑曰：“男儿当死中求生，可坐穷乎！财物易聚耳，不宜有爱。”述乃悉散金帛，募敢死士五千馀人以配岑。岑于市桥伪建旗号，鸣鼓应战，而潜遣奇兵出吴汉军后攻击破汉，汉堕水，缘马尾得出。汉军馀七日粮，阴具船，欲遁去。蜀郡太守南阳张堪闻之，驰往见汉，说述必败，不宜退师之策。汉从之，乃逞强以挑敌。冬，十一月，臧宫军咸阳门；戊寅，述自将数万人攻汉，使延岑拒宫。大战，岑三合三胜，自旦及日中，军士不得食，并疲。汉因使护军高午、唐邯将锐卒数万击之，述兵大乱；高午奔陈刺述，洞胸堕马，摆布舆入城。述以兵属延岑，其夜，死；明旦，延岑以城降。辛巳，吴汉夷述老婆，尽灭公孙氏，并族延岑，遂放兵大掠，焚述宫室。帝闻之怒，以谴汉。又让刘尚曰：“城降三日，吏民从服，孩儿、老母，口以万数，一旦放兵放火，闻之可为酸鼻。尚宗室子孙，尝更吏职，何忍行此！俯视天，俯视地，观放麑、啜羹，二者孰仁？良失斩将吊民之义也！”
秋，会稽大疫。
庚午，以绍嘉公孔安为宋公，承休公姬常为卫公。
李通欲避权势，乞骸骨；积二岁，帝乃听上大司空印绶，以特进奉朝请。后有司奏封皇子，帝感通初创大谋，本日，封通少子雄为召陵侯。