马援斩征侧、征贰。
郭后宠衰，数抱恨怼，上怒之。冬，十月，辛巳，废皇后郭氏，立朱紫阴氏为皇后。诏曰：“非常之事，非国休福，不得上寿称庆。”郅惲言于帝曰：“臣闻佳耦之好，父不能得之于子，况臣能得之于君乎！是臣所不敢言。固然，愿陛下念其可否之计，无令天下有议社稷罢了。”帝曰：“惲善恕己量主，知我必不有所摆布而轻天下也！”帝进郭后子右翊公辅为中山王，以常山郡益中山国，郭后为中山太后，其馀九国公皆为王。
建武十六年庚子，公元四零年春，仲春，征侧与其妹征贰反，九真、日南、合浦蛮俚皆应之，凡略六十五城，自主为王，都麊泠。交趾刺史及诸太守仅得自守。
十仲春，庚午，以关内侯戴涉为大司徒。卢芳自匈奴复入居高柳。是岁，骠骑大将军杜茂坐使军吏杀人，免。使扬武将军马成代茂，缮治障塞，十里一候，以备匈奴。使骑都尉张堪领杜茂营，击破匈奴于高柳。拜堪渔阳太守。堪视事八年，匈奴不敢犯塞，劝民耕稼，乃至殷富。百姓歌曰：“桑无附枝，麦穗两歧。张君为政，乐不成支！”
郭后既废，太子彊意不自安。郅惲说太子曰：“久处疑位，上违孝道，下近危殆，不如辞位以奉侍母氏。”太子从之，数因摆布及诸王陈其恳诚，愿备藩国。上不忍，迟回者数岁。六月，戊申，诏曰：“春秋》之义，立子以贵。东海王阳，皇后之子，宜承大统。皇太子彊，崇执谦退，愿备藩国，父子之情，重久违之。其以彊为东海王，立阳为皇太子，改名庄。”
闰月，戊申，进赵、齐、鲁三公爵皆为王。
建武十七年辛丑，公元四一年春，正月，赵孝公良薨。初，怀县大姓李子春二孙杀人，怀令赵熹穷治其奸，二孙他杀，收系子春。京师贵戚为请者数十，熹终不听。及良病，上临视之，问所欲言，良曰：“素与李子春厚，今犯法，怀令赵熹欲杀之，愿乞其命。”帝曰：“吏奉法律，不成枉也。更道它所欲。”良无复言。既薨，上追思良，乃贳出子春。迁熹为平原太守。仲春，乙未晦，日有食之。
建武十九年癸卯，公元四三年春，正月，庚子，追尊宣帝曰中宗。始祠昭帝、元帝于太庙，成帝、哀帝、平帝于长安，舂陵节侯以下于章陵；其长安、章陵，皆太守、令、长侍祠。
蒲月，旱。
夏，四月，乙卯，上行幸章陵；蒲月，乙卯，还宫。六月，癸巳，临淮怀公衡薨。
匈奴、鲜卑、赤山乌桓数连兵入塞，杀略吏民；诏拜襄贲令祭肜为辽东太守。肜有勇力，虏每犯塞，常为士卒锋，数破走之。肜，遵之从弟也。
甲申，帝幸章陵，修园庙，祠旧宅，观田庐，置酒作乐，犒赏。时宗室诸母因酣悦相与语曰：“文叔少时谨信，与人不款曲，唯直柔耳，今乃能如此！”帝闻之，大笑曰：“吾治天下，亦欲以柔道行之。”十仲春，还自章陵。
安平侯盖延薨。
建武十八年壬寅，公元四二年仲春，蜀郡守将史歆反，攻太守张穆，穆逾城走；宕渠杨伟等起兵以应歆。帝遣吴汉等将万馀人讨之。
征侧等寇乱比年，诏长沙、合浦、交趾具车船，修道桥，通障豨，储粮谷，拜马援为伏波将军，以扶乐侯刘隆为副，南击交趾。
帝以天下垦田多不以实自占，又户口、年纪互有增减，乃诏下州郡检点。因而刺史、太守多为诈巧，苟以度田为名，聚民田中，并度庐屋、里落，民遮道啼呼；或优饶豪右，侵刻赢弱。时诸郡各遣使奏事，帝见陈留吏牍上有书，视之云：“颍川、弘农可问，河南、南阳不成问。”帝诘吏由趣，吏不肯服，抵言“于长奉街上得之”，帝怒。时东海公阳年十二，在幄后言曰：“吏受郡敕，当欲以垦田相方耳。”帝曰：“即如此，何故言河南、南阳不成问？”对曰：“河南帝城，多近臣；南阳帝乡，多远亲；田宅逾制，不成为准。”帝令虎贲将诘问吏，吏乃实首服，如东海公对。上由是益奇爱阳。遣谒者考实二千石长吏阿枉不平者。