是时，方士及诸神巫多聚京师，率皆左道惑众，变幻无所不为。女巫来往宫中，教美人度厄，每屋辄埋木人祭奠之。因妒忌恚詈，更相告讦，觉得祝诅上，无道。上怒，所杀后宫延及大臣，死者数百人。上心既觉得疑，尝昼寝，梦木人数千持杖欲击上，上惊寤，因是体不平，遂苦忽忽善忘。江充自以与太子及卫氏有隙，见上大哥，恐晏驾后为太子所诛，因是为奸，言上疾祟在巫蛊。因而上以充为使者，治巫蛊狱。充将胡巫掘地求偶人，捕蛊及夜祠、视鬼，染污令有处，辄收捕验治，烧铁钳灼，强服之。民转相诬以巫蛊，吏辄劾觉得大逆无道；自京师、三辅连及郡、国，坐而死者前后数万人。
夏，大旱。
秋，旱。
发天下七科讁及英懦夫，遣贰师将军李广利将骑六万、步兵七万出朔方；强弩都尉路博德将万馀人与贰师会；游击将军韩说将步兵三万人出五原；因杅将军公孙敖将骑万、步兵三万人出雁门。匈奴闻之，悉远其累重于余吾水北；而单于以兵十万待水南，与贰师接战。贰师解而引归，与单于连斗十馀日。游击无所得。因杅与左贤王战，倒霉，引归。
是岁，匈奴且韑侯单于死。有两子，长为左贤王，次为左大将。左贤王未至，朱紫觉得有病，更立左大将为单于。左贤王闻之，不敢进。左大将令人召左贤王而让位焉。左贤王辞以病，左大将不听，谓曰：“即不幸死，传之于我。”左贤王许之，遂立，为狐鹿姑单于。以左大将为左贤王，数年，病死；其子先贤掸不得代，更觉得日逐王。单于自以其子为左贤王。
是岁，皇子弗陵生。弗陵母曰河间赵婕妤，居钩弋宫，任身十四月而生。上曰：“闻昔尧十四月而生，今钩弋亦然。”乃命其所生门曰尧母门。
太初三年丁亥，公元前九四年春，正月，上行幸甘泉宫。仲春，幸东海，获赤雁。幸琅邪，礼日成山，登之罘，浮大海而还。
太初二年丙戌，公元前九五年春，正月，上行幸回中。
太初元年乙酉，公元前九六年春，正月，公孙敖坐妻为巫蛊要斩。
庚寅，太子兵败，南奔覆盎城门。司直田仁部闭城门，觉得太子父子之亲，不欲急之，太子由是得出亡。丞相欲斩仁，御史大夫暴胜之谓丞相曰：“司直，吏二千石，抢先请，何如擅斩之！”丞相释仁。上闻而大怒，下吏责问御史大夫曰：“司直纵反者，丞相斩之，法也；大夫何故擅止之？”胜之惶恐，他杀。诏遣宗正刘长、执金吾刘敢奉策收皇后玺绶，后他杀。上觉得任安老吏，见兵事起，欲坐观成败，见胜者合从之，有两心，与田仁皆要斩。上以马通获如侯，长安男人景建从通获石德，商丘成力战获张光，封通为重合侯，建为德侯，成为秺侯。诸太子来宾尝出入宫门，皆坐诛；其随太子出兵，以反法族，吏士劫略者皆徙敦煌郡。以太子在外，始置屯兵长安诸城门。
天汉三年癸未，公元前九八年春，仲春，王卿有罪他杀，以执金吾杜周为御史大夫。
上与诸子疏，皇后希得见。太子尝谒皇后，移日乃出。黄门苏文告上曰：“太子与宫人戏。”上益太子宫人满二百人。太子后知之，心衔文。文与小黄门常融、王弼等常微伺太子过，辄增加白之。皇后切齿，使太子白诛文等。太子曰：“第勿为过，何畏文等！上聪明，不信邪佞，不敷忧也”上尝小不平，使常融召太子，融言“太子有忧色”，上嘿然。及太子至，上察其貌，有涕零处，而佯语笑，上怪之；更微问，知其情，乃诛融。皇后亦善自防闲，避怀疑，虽久无宠，尚被礼遇。